到元嘉末年，谯王多次做了奇怪的梦，来问跋陀，跋陀回答说：“京都将有祸乱。”果然不到一年，就有元凶叛乱。到孝建(公元454年至456年)初年，谯王又阴谋造反，跋陀满脸忧伤，不发一言，谯王问他为什么忧伤，跋陀恳切地劝谏，又流着泪说道：“大王举事定然不成，贫僧没有别的要求，只要求不跟大王一起造反。”谯王问：“法师为什么说弟子这次举事一定会失败呢?”跋陀说：“大王的名字为义宣，应以义为本，今起兵造反，这不是义，怎能会胜利呢?”谯王逼着跋陀和他一起举事。梁山一战，谯王战败。跋陀坐在一只大船上，离岸很远，跋陀一心称观世音，手拿一只邛竹杖跳入江中，水深至膝，用竹杖探水，水流很急，只见一个小童过来，用手牵着跋陀，跋陀对小童说：“你一个小孩子怎能度我?”恍忽之间，觉得向前走了十几步，来到岸上，跋陀脱下他的纳衣，要赏给小童，小童却不见了，跋陀全身的毛发都竖了起来，方知是神的力量。当时王玄谟正督军梁山，孝武帝曾下令若得到跋陀要好生对待，立即送来京师。王玄谟很快就找到了跋陀，将他送到京城。孝武帝马上召见了他，安慰了一番，并说：“盼望法师已经很久了，今天才相见。”跋陀说：“贫僧既己身染叛逆，本当粉身碎骨，今得皇上接见，便蒙再生之恩。”孝武帝又问都有哪些人参与了叛乱?跋陀说：“出家之人，不参与军事。但张畅、宋灵秀等人都是被驱逼的。贫僧所明，因无法对付前世的因缘，才遇到了这样的事情。”孝武帝说：“你不用为此事害怕。”这天，孝武帝让跋陀住在后堂，并给予很好的待遇。

   跋陀在荆州住了10年，每次给谯王的信札，他都有记录，现在检点一下，从没有只言片语谈及军事上的事。孝武帝知道跋陀的纯良和谨慎，对跋陀更加礼遇。后来在一次闲谈中，孝武帝开玩笑说：“法师想念丞相吗?”跋陀回答说：“受丞相供养10年，怎能忘德?现在我向陛下乞愿，愿为丞相烧3年香。”孝武帝听后凄然变色，答应了跋陀的要求。待中兴寺建成后，孝武帝让跋陀住进去，专门拨给他3间房子。后孝武帝在东府设宴．王公大臣都来了，当时跋陀未及理发，头发已经很白了，孝武帝在远处看见了，对尚书谢庄说：“跋陀聪明机觉，但他已经老了，朕试着问问他，他必定能理解我的意思。”召跋陀来到近前，孝武帝对他说：“法师不负远来之意，但唯有一在。”跋陀应声回答道：“贫僧远来帝京，已经30年了，天子的恩遇，使贫僧的惭愧无穷无元尽，但已年届70，既老又病，唯有一死了。”孝武帝称赞跋陀的机敏灵辩，让他坐在自己身边，受到满朝人的注目。

   后来在秣陵凤凰楼西修建了一座寺院。每到半夜，就听见有人推门叫喊，起来看看又没有人，众僧人常常作恶梦。跋陀烧香咒愿道：“你们前世住在这里，我现在在这里建造了佛寺，行道礼忏，也是为了你们。你们若继续住下，就做护寺的善神；若不在此居住，就各随所安。”随既有十几个僧人和信徒同一天晚上梦见有几千个鬼神，都挑着担子搬走了。寺院从此平安。现今的陶后渚白塔寺，就在这个地方。

   大明六年(公元462年)，天下大旱，持续几个月没有下雨，祈祷山川，一点应验也没有，孝武帝请跋陀去祈雨，并说一定要使上天有感，降下大雨，若是祈不来雨，就不要再相见了。跋陀说：“上凭佛宝、法宝、僧宝和陛下的天威，必定能祈降大雨。否则，决不复见。”跋陀即往北湖钓台祈雨。祈雨时不进饮食，只是默默地诵经，并加以秘咒。到第二天申时，西北方乌云密布，太阳已近傍晚，风起云合，天降大雨。第三天早上，公卿大臣都来祝贺，孝武帝召见慰劳，布施相继不断。

   跋陀从小就只吃素食，一直坚持到晚年。常手持一香炉，从未离手。每次吃过饭，都要分一些食物给飞鸟，飞鸟就停在他的手掌上取食。到南朝宋明帝时，朝廷的礼供更加丰厚，泰始四年(公元468年)正月，跋陀觉得身体不适，便与明帝和公卿大臣们告别。临终这天，跋陀久久仁立，仰望天空，见空中天花缤纷，圣像在空，遂卒于住所，终年75岁。明帝听到跋陀去世的消息后，非常痛惜，慰问的赠品非常丰厚，王公大臣都来送葬，享尽哀荣。

   当时还有个沙门宝意，梵语为阿那摩低，本姓康氏，是康居国(西域城国)人，他的家人世代居住在天竺国。在南朝宋孝建(公元454年一456年)年间，宝意来到京师，住在瓦官寺。宝意常在寺院中的树林里坐禅，又晓通佛教经、律、论，当时人们都称他为“三藏法师”。宝意常转侧数百贝子，就立刻知道人间的吉凶。他还擅长神咒，用香涂在手掌上，就能从手掌中看到人间的一切事情。宋世祖曾施给宝意一个铜垂壶，有二尺多高，宝意常将铜垂壶放在床前，后被窃贼偷走，宝意用一领席子卷起来，念上几通咒语，过了3天，铜垂壶又回到席桶里，人们都不明白这是怎么回事。因此四方的僧人和百姓们，对宝意都很崇敬，认为他是神异之人。齐文惠、文宣王以及梁太祖，都恭敬地对宝意行以师礼。南朝齐武帝永明(公元483年一493年)末年，宝意卒于瓦官寺。