余英时的著作颇多，主要的有《历史与思想》、《论戴震与章学诚》、《史学与传统》、《方以智晚节考》、《士与中国文化》、《红楼梦的两个世界》、《从价值系统看中国文化的现代意义》、《陈寅恪晚年诗文释证》、《中国传统思想的现代诠释》等，另有不少以英文写作的作品。