汉灵帝末，“党锢”解禁，大将军何进执政，想重新起用郑玄。郑玄年已六十，婉言谢绝，宁愿从事教学与著述，“但念述先圣之元意，思整百家之不齐，亦庶几以竭吾才，故闻命罔从。”（《后汉书·郑玄列传》）往后的十多年里，郑玄勤奋著述，凡百余成言。汉献帝建安五年病卒，享年七十四岁。

    郑玄在经学史上的地位，范晔为其列传时作了这样的评论：“自秦焚六经，圣文埃灭。汉兴，诸儒颇修艺文。及东京（指东汉）学者，亦各名家。而守文之徒，滞固所禀，异端纷纭，互相诡激，遂令经有数家，家有数说，章句多者或乃百余万言，学徒劳而少功，后生疑而莫正。郑玄括囊大典，网罗众家，删裁繁诬，刊改漏失，自是学者略知所归。”郑玄站在“通学”的立场上遍注群经，“整”而“齐”之。史载，他注《易》、《尚书》、《毛诗》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《论语》、《孝经》、《尚书大传》以及《中候》、《乾象历》；又著《天文七政论》、《鲁礼 袷义》、《六艺论》、《毛诗谱》、《驳许慎五经异义》、《答临孝存周礼难》等，凡百余万言。著书立说的成绩如此巨大，远在其师马融和两汉任何一位经学家之上。

    在《易》学方面，郑玄早年通《京氏易》，后来又通《费氏易》。其《易》注，以《费氏易》为主，兼容《京氏易》，京即今古文《易》学的综合研究。他以“礼”注《易》，强调“不晚迫害论”即社会伦理功能。改造了象数《易》学，是两汉《易》学发展的最高成果。此外，郑玄还提出八卦始于神农氏之说，与以前流行的伏羲说有别，可谓另创新说。

    在《尚书》学方面，其《尚书》注，来源于贾逵、马融，是东汉一代今古文《尚书》学的含有大成者。郑注出现，“《古文尚书》遂显于世”，为儒者所宗。

    在《毛诗》学方面，郑玄先学今文《韩诗》，后师从马融研究《毛诗》。其《诗》学直接来源于马融，他在《毛诗笺》以及《毛诗谱》，兼采了今文三家《诗》尤其是《韩诗》。他首次提出《毛诗》作者有大、小毛公之别，《毛诗谱》谓鲁人“大毛公为《故训传》于其家，河间献王得而献之，以小毛公为博士。”此新说有何依据，不得而知。郑玄还独创了“笺”的名称。就郑玄《毛诗》“笺”注内容而言，也是多以《礼》解释《诗》，强调礼制的作用，宣扬封建伦理的功效。此外，郑玄首次提示了《诗》之《大序》为子夏所撰，《小序》则为子夏、毛公合作。

    在“三礼”学方面，郑玄《周官注》来源于马融；而注《礼》经（《仪礼》），是校读“古经”的成果；注《礼记》，则是独创的新说。从前，三种礼学经典分别相传，而郑玄“通为《三礼》”，开始才有所谓“三礼”之学。“三礼”学是郑玄“通学”最精彩的内容，他全面注释“三礼”，融会贯通，自然地解决了许多疑难的问题。皮瑞锡指出：“郑学最精者三礼。”（《经学通论·<易经>·论郑荀虞三家之义郑据礼以证易学者可以推补不必推补爻辰》）

    在《春秋》“三传”方面，郑玄先学《公羊春秋》，后习《左氏春秋》，此外又懂《 梁春秋》。他曾指出：“《左氏》善于礼，《公羊》善于谶，《 梁》善于经。”（《六艺论》）郑玄综合融通，重点落在“善于礼”的《左氏传》上。《后汉书》本传及《儒林列传》均未提及郑玄注过《左氏传》，但《世说新语·文学》篇中记：郑玄曾注《左氏传》，一次与服虔相遇，听服虔谈注《左氏传》的内容，觉得与己见相同，就说：“吾久欲注，尚未了。听君向言而有信，多与吾同，今当尽以所注与君。”遂为《服氏注》。如果故事可靠，郑玄似有尚未完稿的注《左氏传》的专著。

    “六艺”概论方面。随汉代经学发展，必然产生 “五经”、“六艺”概论的专著，刘向校理秘府经籍，撰编了《五经通义》和《五经要义》。刘歆《七略》中之《辑略》，实际包含了“六艺”的总论；东汉，曹褒、张遐等均著有《五经通义》；尤其是许慎的《五经异义》，从礼制上评述“五经”的各种意义，缩论今、古文家之说，但师法界限并不严格。对此，郑玄撰《驳五经异义，混合今文与古文之义，加以辩驳，并才有《六艺论》，次论《易》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》六经，叙述六艺特征及其传授的渊源。

    综上所述，郑玄“括囊大典，网罗众说”，其业绩无疑是经学史上一座丰碑。他遍注的群经，可惜大多已佚。至今完整的留存于《十三经注疏》中的《毛诗笺》和“三礼”注，以大量篇幅考订名物度，训诂精湛，校 严密，为中国文化史研究提供了丰富而重要的资料。