如何评价孔子和刘歆是章太炎与今文学家争论的焦点。孔子作为儒家的宗师，今古文学者都毫不例外地加以推崇，然而尊崇的角度不同，带来了理解的不同。今文学者认为孔子删定六经，借六经传"微言大义"为百世制法，所以视孔子为"托古改制"的-家和哲学家。古文学者则据孔子自言"述而不作"、"信而好古"，视孔子为编订六经的史学家和授徒讲学的教育家。今文学者廖平甚至说"六经皆孔子所撰","尧舜汤武之治皆无其事"。章太炎批评廖平"欲极崇孔子"，不惜对有文可征的历史事实肆意歪曲，认为"尧、舜，周公适在前，而孔子适承其后，则不得不因其已成者以为学，其后亦不得不据此删刊以为群经"，因而"不得谓其中无前圣之成书"，从而肯定了孔子删定六经的学术价值和历史价值。章太炎坚持"孔子是史学的宗师，并不是什么教主"的观点，是针对康有为立孔子为“教主”成立"孔教会"而发的。至于刘歆，一直受到今文学者的攻击，而章太炎自称是"刘子骏之绍述者"。他指出:"刘向父子总结《七略》，入者出之，出者入之，穷其原始，极其短长，此即与正考父、孔子何异？”（《国故论衡·明解故》，刘向、刘歆父子在以董仲舒为代表的今文经学独尊的汉代，积极从事旧籍的整现，古文也得到了清理，尤其是刘歆研究《左传》，并引《左传》解释《春秋》，使人们对文字简单隐晦的《春秋》有了接近正确的理解。因此，章太炎推崇刘歆的学术研究，实际上是基于古文经学的立场。

   章太炎的经学研究，兴趣在于《春秋》，自变法运动夭折直至辛亥革命从日本归来，十余年间"独抱《春秋》"。章太炎研究《春秋》一方面是"夷夏之辨"，另一方面也有现实-的需要，那就是批驳康有为、皮锡瑞等鼓吹"孔子改制"说，为现实-服务。他认为东汉经学家郑玄定《王制》成书于周赧王之后，是"暖昧"不确之论，认为《王制》出自"汉文帝时使博士刺六经为之";他运用乾嘉汉学家考证的方法，指出《周礼》三百六十官，是官号而非只三百六十人，同一官号"有正有二有考"。章太炎对《王制》制作的批评,对《周礼》的考证，表面是学术之争，实质是驳斥今文学者力主《王制》为孔子改制的根据，借孔子以言"改制"立宪。因此，章太炎研究《春秋》，是汲取《春秋》中的思想材料，阐发自已的-思想。

   章太炎的经学研究，除《春秋》之外，对《周易》也有论述，如他认为"《易》当殷末，故事状不及周世"，并根据《易》传中"易之兴也，其于中古乎"，断定《周易》的作者"为文王则明矣"。这显然是针对今文学者视《周易》为孔子所作的观点研发。此外，章太炎对〈礼》也有研究，尤其是对《丧服》花了很大的功夫，章太炎对《周易》与《礼》经的研究，虽也夹杂着他对现实社会的理解，然而与《春秋》研究相比较，则已明显远离激烈的现实-斗争，几为纯学术的研究。晚年的章太炎不满于"五四"新文化运动所倡导的内容，潜心经学研究，公开提倡"尊孔读经"，在苏州主持"章氏国学讲习会"，再度走上了当年研究古文经学的老路。

   章太炎博通群经，著述繁富。主要著作有:《尴书》、《古文尚书拾遗》、《春秋左传读叙录》、《春秋左氏义问题》、《刘子政左氏说》、《广论语骈枝》、《新出三体石经考》、《说文部首韵语》、《文始》、《国故论衡》、《太炎文录》等，后人编有《章氏丛书》、《章氏丛书续编》、《章氏丛书三编》，自1982年起上海人民出版社陆续出版《章太炎全集》。