2、心性论：朱熹曾认真地研究了《中庸》关于“已发”、“未发”的思想，以及二程以来诸儒对此问题的讨论，其观点在四十岁前后有所不同，前期认为“心为已发，性为未发”，这个思想是受到胡宏的影响；后期则修正了自己的观点，认为“已发”、“未发”提心理活动的不同阶段或状态，并以“未女”为性，“已发”为情。在心性论方面，朱熹提出了重要的“心统性情”的理论，这是他对张载思想的发展，认为性是心之体，情是心之用，心是包括体用的总体。对“性”的概念，朱熹又区分了“天命之性”和“气质之性”两个层面，前者指人禀理而生、专以理而言、纯粹至善的性；后者指人禀气而有形的、有清浊偏正善恶的性，这是他对程颐思想的发展。在此基础上，朱熹又提出了“道心”、“人心”的范畴，认为道心即“天理”，恶的人心就是“人欲”。

   3、认识论：朱熹发挥了《大学》关于“格物致知”的思想，对“格物”的解释，朱熹认为，一是“即物”即接触事物，二是“穷理”即研究物理，三是“至极”即穷理至其极；对“致知”的解释，朱熹认为是“推极吾之知识，欲其所知无不尽也” （《大学章句》），即扩展、充广知识，致知是格物的目的和结果。总的说来，朱熹的理论是对程颐“格物穷理”认识论的发展。朱熹为了发挥其思想，提出《大学》篇中缺失对“格物致知”的解释，于是还专门作了《补格物致知传》。与认识论相关的，在知行观上，朱熹提出子“知先行后”的观点，认为知的目的在行，即实地践履，若想践履，必须先知，不过朱熹也强调知和行不能偏废，“知行学相须”；与传统儒家的观点一致，朱熹的知行观主要强调的也是道德的践履问题，而不是认识的来源问题。

   4、功夫论：在修养功夫方面，朱熹主张“主敬涵养”，他不仅发展了程颐“涵养须用敬”的思想，也吸收了程门弟子及他自己的修养体验。朱熹的“主敬”理论突出强调了“未发”，即人在无所思虑及情感未发生时，仍须保持一种收敛、谨畏和警觉的知觉状态，最大程度地平静思想和情绪，这样就可以涵养一个人的德性；此外，朱熹也注意人在动的状态中的“主敬”，这是贯穿于“未发”和“已发”、知和行的全过程。而人们学习和道德修养的目的，朱熹认为就在于“存天理，去人欲”。这一结论一方面有维护封建统治秩序的意味，但另一方面，在伦理学上则有用理性原则来作为社会普遍道德法则的意义。

   在经学方面，朱熹有许多著作，如：《易》有《周易本义》、《易启蒙学》、《蓍卦考误》、《易传》、《古易音训》、《损益象说》、《易答问》、《朱文公易说》等；《书》有《书古经》、《书传缉说》、《书说》、《文公书说》、《书经问答》等；《礼》有《仪礼经传通解》、《仪礼经传图解》、《朱子井田谱》、《礼记辩》、《仪礼经传通解续》、《朱子礼纂》等；《孝经》有《考经刊误》、《考经存异》；《四书》有《四书集注》、《四书或问》、《论孟精义》、《中庸辑略》、《大学集传》、《大学详说》、《大学启蒙》、《论语要义》（两种）、《论语训蒙口义》、《论语详说》、《孟子集解》、《孟子问辨》、《四书音训》等。以上还是不完整的统计，但仅从以上这个书目就足以说明朱熹在经学上的成就。在这些著作中，影响最巨的无疑当推《四书集注》。自元朝中期后，此书成为科举考试的标准解释，一直到清末废除科举为止。朱熹于《四书》几乎用了他毕生的精力，他早年着力于《论语》、《孟子》，晚年尤工于《大学》、《中庸》，辨析毫厘，远在《易本义》和《诗集传》（这两书也为明清科举功令）之上。至于对《大学》分经传、补“格致”，那是出于其经学中的“宋学”之主观立场，此点虽有论辩之余地，却也属可以理解的举措。

   朱熹治经，艰苦重汉唐注疏，又不一味推尊，其方法如其在《论语训蒙口义》中所说的：“本之注疏以通训诂，参之释文以正其音读，然后会之于诸老先生之说，以发其精微。”自义理之学兴，学者多以为得孔孟不传之统，对汉儒经注颇为鄙薄，朱熹认为这是不恰当的。所以，他努力把训诂与义理结合起来，这是朱熹对经学的一大贡献。正如钱穆指出的：“朱子于经学，虽主以汉唐三注疏为主，亦采北宋诸儒，又采及理学家言，并又采及南宋与朱子同时之人。其意实欲融贯古今，汇纳群流，采撷英华，酿制新实。些其气魄之伟大，局度之宽宏，在儒学传统中，惟郑玄堪在伯仲之列。惟两人时代不同，朱子又后郑玄一千年，学术思想之递衍，积愈厚而变益新。朱子不仅欲创造出一番新经学，实欲发展出一番新理学。经学与理学相结合，又增之以百家文史之学。”（《朱子新学案》）

   朱熹一生著述极丰，是中国历史上著作最多的儒家学者之一，《宋史·艺文志》中著录者有四十余种，未著录的尚有二十余种，另外由其弟子或后人编纂的著作也有二十余种。全祖望在《宋元学案》中称他“致广大，尽精微，综罗百代矣”，并非溢美之虚语。朱熹著作中最重要、最有影响的，除《四书集注》外，当推《朱文公文集》、《朱子语类》、《朱子家礼》。