1937年芦沟桥事变后，他召开中国佛教会理监事紧急会议，号召全国佛教徒参加抗日救国工作，并担任中国佛教会灾区救护团团长，召集苏、沪佛教青年，组织僧侣救护队，积极进行救护抗日伤员工作。“八·一三”沪战开始后，这支僧侣救护队，出入炮火纷飞的战场，出生入死，救护伤员，受到社会各界的赞扬。这期间，圆瑛法师把圆明讲堂开辟为难民收容所，又成立了佛教医院、掩埋队，从事救护收容工作。

    1937年10月和1938年9月，圆瑛法师两次偕徒明旸到新加坡、吉隆坡、槟榔屿、马六甲等地，组织华侨募捐委员会，借讲经说法机会宣传救国道理，提倡“一元钱救国运动”，广大侨胞踊跃捐款，他募得巨款，支援抗日救亡运动。

    1939年秋，圆演法师正在圆明讲堂主持法事活动，日本宪兵以抗日分子罪名逮捕了圆瑛法师和明旸法师，经20多次审讯和恫吓，法师都镇静自若，闭目打坐，表现出中国佛教徒的民族气节。出狱后，圆瑛法师仍住圆明讲堂，闭门谢客，专事著作。1943年他在北京中国佛学院的演讲中，号召佛教青年要肩挑“救国爱教”二副重担，不能闭门读书，要对国家存亡负起责任。

    1949年，圆瑛法师在香港、新加坡等地的弟子都劝他飞往南洋，在那里为他重建比上海圆明讲堂大十倍的讲堂，圆瑛法师回答说：“我是中国人，生在中国，死在中国，决不他往!”

    中华人民共和国成立后，圆瑛法师拥护-党的宗教信仰自由政策。1952年出席了亚洲及太平洋区域和平会议。

    1953年5月当选为中国佛教协会第一任会长。正由于圆瑛法师一生追求进步，反对侵略，热爱和平，热爱祖国和人民，受到人民的尊敬和怀念。