干元元年（758）九月，肃宗调动各路大军进攻安庆绪。参加作战的九节度使中，郭子仪、李光弼战功最多，威信最高，肃宗不愿把军权交给他们，所以不设主帅，只命宦官鱼朝恩为观军容宣慰处置使，总揽全局。郭子仪等唐军围邺，并引漳水灌城，安庆绪不仅遭水灾之苦，而且城中极其缺粮，甚至老鼠也成了贵重食物，一鼠可卖四千钱。这正是破城良机，但因兵众无主，无人统一指挥，以致坐失良机。 史思明为援邺而截劫唐军的粮草，又以声东击西的战术不断袭击唐军。於是，干元二年（759）三月，唐军与史思明叛军展开激战。正当激战之际，大风忽起，吹沙拔木，天昏地暗，咫尺不辨敌我。混战中双方均遭重大损失。郭子仪退向河阳（今河南孟县），保卫东京。这次战役的失利，鱼朝恩有责无旁贷之过，但他为了推卸责任，竟诬陷郭子仪作战不力。肃宗遂召郭子仪还京，并免其军职，还以李光弼为天下兵马副元帅，取代郭子仪的职务。郭子仪在京闲得无聊，党项等羌人却在京西不断制造事端，威胁长安。肃宗为了借重其威名，遂命郭子仪为 宁、 坊两道节度使，但只是徒有其名，因为他还不能离开京师。宝应元年（792）二月，绛州（今山西新绛）驻军粮饷不继，军心不稳。有一将领王元振藉口士卒思郭子仪而发动兵变、杀了朔方等诸道行营都统李国贞。肃宗遂封郭子仪为汾阳王，并以其为朔方、河中、北庭、潞泽节度行营兼平兴、定国等军副元帅，镇守绛州。郭子仪并不因为王元振拥护自己而有所姑息，反而斥责王元振杀害主帅会给叛军提供可乘之机，遂杀王元振与其同谋者四十人。同时也解决了粮饷问题。这些措施，稳定了军心，效果很好。

    不久，代宗即位，又解除了郭子仪的兵权，调他回长安。

    正当唐政府边兵内调，把主要力量用於平定安史之乱的时候，西方的吐蕃，党项就乘机向东发展势力，凤翔（今陕西凤翔）以西， 州（今陕西彬县）以北的地方，已失去控制。郭子仪看到这种危机的存在，曾建议不可忽视这方面的问题，但都没引起代宗的重视。

    广德元年（763）九月，吐蕃开始东进，边将向朝廷告急，宦官程元振置之不理，根本不向代宗报告。吐蕃顺利东下，很快到达泾州（今甘肃泾川），泾州刺史高晖投降，并引吐蕃深入内地，一直过了 州（今陕西彬县），代宗始有所闻。吐蕃继续东进至奉天（今陕西干县）、武功（今陕西武功西），京师震动，代宗才命雍王李适为关内元帅，郭子仪为副元帅，出镇咸阳（今陕西咸阳东）。郭予仪久居京师，手下没有军队，临时凑集了二十馀人到咸阳，面对二十馀万敌军，当然难以有所作为。他派人向皇帝告急，由於程元振从中作梗，也未能见到代宗。

    吐蕃逼近长安，代宗仓促出奔陕州，郭子仪循秦岭而东，沿途收容唐军散兵，驻军在商州（今陕西商州）。他认为从商州出蓝田（今陕西蓝田），吐蕃自然不敢东进，代宗在陕州也就安全，於是，代宗没再坚持调他东去陕州的意见。 郭子仪派长孙全绪率二百骑出蓝田，观察敌情。长孙全绪白天击鼓张旗，虚张声势；夜间多处燃火，使吐蕃不解其意。同时，还有数百人於夜间在长安城中击鼓呐喊，还发出郭子仪将率大军到来的消息使吐蕃惶恐不安。在这四面楚歌声中，吐蕃感到无力控制长安，只得撤兵西去。 十二月，代宗回到长安，郭子仪等到 水以东迎接。代宗羞愧的对郭子仪说：「用卿不早，故及於此。」自此以后，郭子仪的声望更高了。

    平定仆固怀恩，又是郭子仪的一大功绩。 安史之乱结束后，仆固怀恩率朔方兵驻屯汾州（今山西汾阳）。

    河东节度使辛云京怀疑仆固怀恩与回纥有勾结，遂向代宗密奏仆固怀恩欲反。仆固怀恩受到猜疑，有诏书也不敢进京。当代宗征求除去仆固怀恩之策时，有人建议：仆固怀恩所统之兵皆郭子仪旧部，如果派郭子仪去统领这支军队，仆固怀恩就一筹莫展了。代宗遂命郭子仪为关内、河东副元帅、河中节度使。仆固怀恩感到危在旦夕，遂举兵反唐。他进攻太原失败，带三百人逃往灵州（今宁夏灵武）。郭子仪到了汾州，仆固怀恩所部，皆鼓舞涕泣，喜其来而悲其晚。 仆固怀恩到了灵州，勾结回纥、吐蕃，大举内进。郭子仪奉命出镇奉天（今陕西干县），在干陵之南大败仆固怀恩。 永泰元年（765）九月，仆固怀恩再次勾结回纥、吐蕃内进。

    仆固怀恩中途暴病而死，郭子仪用分化手段，拉拢回纥，共击吐蕃，迫使吐蕃退兵。

    建中二年（781）六月，郭子仪去世，终年八十五岁。