长崎孔子庙据推测始建于1893年（明治26年），坐落在长崎市大浦町32番地，占地面积为3300平方米，全部由日本职业匠人施工。孔庙的正殿为“大成殿”，殿内供奉着孔子像，大成殿后侧有“崇圣殿”，供奉着孔子的父亲叔梁纥和祖先五代的灵牌。除此之外庙内还设有“表门”、“石门”、“会门”、“净手处”，是纯粹的中国式建筑。

1983年长崎孔子庙创建九十周年之际，孔子庙又进行了一次改修，把大成殿后侧的唐人馆修建成了中国历代博物馆。

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