明河南钧州（今禹县）人，字负图，号三峰居士。景泰进士。历任山西、湖广巡按，福建按察使。成化初，巡抚陕西，与总督项忠平定满四起事。成化十二年（1476）以兵部右侍郎整饬辽东军务，上边计十五事。为经阉汪直所诬，谪戍重庆卫。二十年，再度巡抚辽东。次年任漕运总督。弘治中历任兵部、吏部尚书，严放将校，罢黜贪懦，屡平西北边塞。正德二年（1507）权阉刘瑾乱政，被罢官。有文武才，长于应变，尤重名节。卒谥端肃。有《马端肃公诗集》、《马端肃奏议》等。