除读书外，黄宗羲还遍游名胜，广结学友。明末文人结社之风很盛，江浙一带尤其如此。杭州先后有“小筑社”、读书社、登楼社。当时的西湖之滨，文人群集，读书蔚然成风。黄宗羲于崇祯六年（1633）秋冬之交来到杭州南屏山下，与学友们读书讨论，互相砥砺，不仅学问大长，眼界大开，而且对明末的社会问题有了更深入的了解，其忧忠意识也日益加深。他关注着阉党势力活动的情况。

时隔不久，黄宗羲又卷入了第二次反阉党的斗争，即复社声讨奄党余孽阮大铖的运动。他与顾杲等发起撰写的，有140余位名流签名的《南都防乱公揭》，揭露了阮大铖的罪行和丑恶历史。阮大铖怀恨在心，编织黑名单，到处捕害复社名士，并将黄宗羲、顾杲、陈贞慧等人逮捕入狱，。后因清军包围了南京，城中大乱而得以乘机逃脱。

黄宗羲回到浙东，投入了抗清斗争。他与其弟宗炎、宗会召募家乡子弟数百人组成义军，号称“世忠营”，后来又和余姚县令王正中所部会合，共有三千余人。浙东沦陷，黄宗羲率领五百余兵转入四明山结寨固守。后又随南明鲁王朱以海辗转海上，任左副都御史。失败后回到家乡，多次遭清朝政府的缉捕。

在清朝政府的统治稳定之后，黄宗羲拒绝做清朝的官，终身不仕，专门从事讲学著书，培养了一大批学者，如万斯大、万斯同等，开创了影响远播至今的清初浙东学派，写了《明儒学案》、《宋元学案》、《明夷待访录》等不朽著作。

康熙三十四年（1695）七月初三日，这位杰出的爱国学者与世长辞，临终前，他嘱咐丧事从简，只要求在其圹前望柱上刻一长辞，临终前，他嘱咐丧事从简，只要求在其圹前望柱上刻一副对联：“不事王候，持子陵之风节；诏钞著述，同虞喜之传文”。严子陵，乃汉代名士；虞喜，乃东晋时的经学家和天文学家，皆是余姚人，黄宗羲以严子陵、虞喜为楷模，正表露了他注重气节，以文化承传为已任的心迹。