后者对前者首先进行了完善，主要表现有以下几点~

1.商鞅在政治方面的重大改革是“集小都乡邑聚为县”，以县为地方行政单位，废除分封制，“凡三十一县”（也有史书认为是41县或36个县）。县设县令以主县政，设县丞以辅佐县令，设县尉以掌管军事。县下辖若干都、乡、邑、聚。商鞅通过县的设置，把领主对领邑内的政治特权收归中央。该措施有力地配合了“废井田、开阡陌”政策，用政治手段保证了土地私有。巩固了中央集权的封建统治，削弱了豪门贵族在地方的权力。
后来，秦在新占地区设郡，郡的范围较大，又有边防军管性质，因之郡的长官称郡守。后来郡内形势稳定，转向以民政管理为主，于是郡下设若干县，形成秦的郡县制。
春秋时期，一些诸侯国在新兼并的地区设县，后来又在边地设郡。商鞅变法时，废分封，行县制。秦统一后，经过朝廷上的两次辩论，秦始皇决定在全国范围废除分封制，实行郡县制。
郡，是中央政府以下最高一级地方行政机构。秦始皇统一六国后，国土空前广袤，分天下为三十六郡。后来，随着边境的开发和郡治调整，增至四十余郡。郡守是郡的最高行政长官，对上承受中央命令，对下督责所属各县。
县，是郡的下级行政机构。县的长官称县令或县长，由朝廷任命，主要任务是治理民众，管理政财、司法、狱讼和兵役。郡守通过每年的考核和平时的检查，对县令、县长的工作进行考察。
秦朝这套从中央到地方的统治机构，管制有明确的职责分工，既相互配合，又彼此牵制，统治机构的最高统治权掌握在皇帝以人手中，最终确保了地主阶级对广大劳动人民的专制统治。这套金字塔般统治机构的建立，标志着封建专制主义中央集权制度的确立。

没什么区别，都是一回事

要非要说出点区别，就是秦始皇的那个可能比商鞅变法的成熟一些