临时组阁
孙中山就任临时大总统自1907年起，受到清朝政府全力追缉的影响，孙中山便长期居留欧美各国。初闻革命成功时，孙中山还有些讶异，但随即在海外华人与美国的同情者间筹集资金。1911年12月20日，孙中山赶赴上海，并于28日被推选为中华民国“临时大总统”。1912年1月1日（辛亥十一月十三日），在南京宣誓就任，并循革命军与袁世凯的秘密协议，特申“颠覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福……至专制政府既倒，民国卓立于世界，即当解临时大总统之职”，月底临时参议院组成。
当时，虽然大部分的省份已脱离清政府的控制，可主要的军事凭借却是各地的团练与新军，或是混入部分华侨以及洪门与旗下哥老会的成员。孙中山领导的临时政府实力有限，无论在装备与士兵素质上，皆无法与清朝主力北洋军抗衡。此外，由于他并未实际投入革命战事，故各省的革命势力纷纷推出自己的领导，使革命势力呈现多头马车的情形。
革命军被北洋军接连击败后，孙中山决定与北洋军的统帅袁世凯和谈，希望通过给予袁临时大总统的职位，让袁成为清朝垮台的最后关键。最后与袁达成协议：临时大总统由袁接任，袁则以实际行动迫使清朝皇帝退位。
1912年（民国元年）2月12日，清帝溥仪发布《退位诏书》，13日孙中山即向参议院请辞，并举荐袁世凯代任。此后又苦心孤诣，协助袁世凯依民主程序选任、就职、组职内阁，尤其重视向国民宣誓一事。为了引导袁世凯步入民主程阶，4月1日，孙中山亲自去参议院，宣布正式解除临时大总统一职。

辛亥革命后做的事二次革命
1912年8月24日，孙中山应袁世凯之邀到北京会见，向袁表示退出政界，建设中国铁道。1912年8月，经宋教仁从中斡旋孙中山与宋庆龄在日本结婚，同盟会与统一共和党、国民共进会、国民公党合并，改组为“国民党”。25日，孙中山在北京举行的国民党成立大会中被选为理事长，但孙中山以“决不愿居政界，惟愿作自由国民。”为理由谢绝，并委任宋教仁为代理理事长，自己出任中国铁路总公司总理，设总部于上海。
1913年3月，宋教仁被暗杀，袁世凯嫌疑为原凶。孙中山力主南方各省起兵反袁，称为“二次革命”。由于实力不足，二次革命旋即失败。孙中山被通缉，不得不再次赴日本寻求援助。1914年，孙中山在日本建立中华革命党，并两次发表讨袁宣言，要求党员向孙中山个人绝对效忠，要按手模宣誓；并且将国民按入党时间分成等级，享有不同待遇。
因部份同时流亡日本的国民党员对此反对，原同盟会中重要人物如黄兴、李烈钧、柏文蔚、谭人凤等俱未加入中华革命党。
护法运动
袁世凯称帝失败后，孙中山重回中国。1917年，段祺瑞在张勋复辟后“再造共和”，废止了1913年选出的国会。身在上海的孙中山展开护法运动（亦称“三次革命”），号召国会议员一起到广州，召开国会非常会议，组织护法政府并就职为“大元帅”，誓师北伐。但广州护法政府逐渐由桂、滇系军人控制，孙中山实力有限，甚至出现“政令不出士敏土厂（大元帅府）”的情况。孙中山曾尝试发动兵变而未果。
1918年桂、滇各系控制国会改组护法政府，以七总裁取代大元帅，孙中山被架空，被迫去职。1919年10月，改中华革命党为“中国国民党”。1920年，陈炯明成功击退盘踞广州一带的桂、滇系，请孙中山重回广州。次年，广州非常国会取消军政府，选孙中山为大总统（习惯上称为非常大总统)，开始第二次护法运动。
孙中山就职后，力主军事北伐，最终与主张“暂缓军事、联省自治”的陈炯明产生激烈冲突。1922年6月，爆发炮击总统府事件，孙中山离粤退居上海。
联俄联共
自陈炯明兵变后，孙中山开始考虑与共产党合作的可能。1923年1月，孙中山与苏联政府全权代表越飞在上海会面，正式讨论与共产党合作，会面后二人曾发表《孙文·越飞联合宣言》。
1923年1月16日，在拥护孙中山的滇军杨希闵部、桂军刘震寰部，以及倒戈粤军联合组成的西路讨贼军的攻击下，陈炯明部被逐出广州，败退至东江。2月21日，孙中山得以重回广州，设立大元帅府。12月29日，接受列宁和共产国际的协助重建大元帅府，共产国际派出鲍罗廷到广州为孙中山顾问，以苏共为模式重组中国国民党。
1924年1月，孙中山在中国国民党第一次全国代表大会上，宣布实行“联俄、联共、扶助农工”三大政策，接受中国共产党和苏俄共产党帮助，改组国民党。并于3月组建黄埔军校，任命蒋介石为校长。
国民党“一大”的成功，标志着第一次国共合作正式形成。这次合作实现后，以广州为中心，汇集全国的革命力量，很快开创出反帝反封建的革命新局面
病危
1924年9月3日，江浙战争爆发，9月4日，孙中山在广州组建北伐讨贼军，任命谭延恺为总司令，联合卢永祥、张作霖、段祺瑞，“共抗直系”，准国父备进行北伐。10月10日，广州发生商团事变，10月15日，孙中山率师回广州，击溃广州商团武装。
1924年10月23日，冯玉祥在北京发动北京政变，推倒大总统曹锟，邀孙中山北上共襄国事。此时，孙中山健康已急转直下，但为了国家的前途，同帝国主义和北洋军阀作斗争，他毅然北上，并提出“召开国民会议”和“废除不平等条约”两大号召。^[5]
1924年11月，孙中山离开广州，绕道日本，开始北上之行。12月4日，到达天津，由于一路颠簸和北地严寒，旧病复发，他边接受治疗，边接见京津要人，并计划22日入京。18日，因得知“临时执政府行文各国使署，有尊重历来条约之意”，孙中山大失所望，病情随之加剧。段祺瑞致电相催：“时局未定，庶政待商，务祈速驾，以慰众望。”孙中山复电：“准于十二月三十一日入京。”
1924年12月31日，孙中山抵京入住北京饭店后，次年1月即开始病发。1月26日，被确诊为肝癌，在协和医院接受手术。1925年2月18日，他移至行馆接受中医治疗，3月11日，自知不起，临终时由夫人宋庆龄扶腕，在汪兆铭所代笔的《总理遗训》及《致苏联政府书》上签字。
后世国人常提到的“革命尚未成功，同志仍须努力”，出自孙中山留给国人的政治遗嘱。他当日托咐何香凝要“善视孙夫人（宋庆龄）”，“弗以其夫人无产而轻视”，何香凝回答：“先生，我亲近先生二十多年，同受甘苦，万一先生不测，我们当尽力保护夫人及先生遗族。我虽然知识能力都很薄弱，但是总算能够亲受总理三民主义的教诲，我有一分力量，必定尽力宣传。

因为他被袁世凯逼下来了、翻翻历史书会有的、

他是伟大的国父