朱元璋的晚年生活颇不寂寞，朝廷之事，只要不是太重要的，他都放手让孙子朱允炆去处理，而自己则待在后宫想享一下晚年的清福。年近70的朱元璋依旧多情，宠幸上了一个宫女小张氏，居然又有了一个女儿，这就是朱元璋众多子女中最小的一个——宝庆公主。朱元璋老来得子，爱之甚切，将她奉若明珠，百般呵护。

朱元璋是在洪武三十年(公元1397年)的秋天病倒的。一开始，他病得并不严重，虽躺在床上，却也经常下地活动。朱允炆等人来看他的时候，他有说有笑，看不出一点儿有病的样子，而且他还曾单独向朱允炆传授了自己的治国策略。

这年冬天，从西安传来消息，朱元璋的二儿子秦王朱樉病死。次年二月初，又从太原传来消息，朱元璋的三儿子晋王朱棡病死。虽说朱元璋早就知道他们两个身体一直不好，而且对他们两人生前的所作所为也很是不满意，但是，毕竟他们是他的儿子，“白发人送黑发人”，这对朱元璋是一个不小的打击，他自此病情开始加重。

5年前，长子也即太子朱标病逝，5年后，二子、三子又相继病死。现在，还剩下的四子燕王朱棣实际上就相当于朱元璋的大儿子了。而朱棣也是朱元璋所有儿子中最有才智的一个。这不能不让朱元璋为自己性格柔弱的孙子朱允炆担心。为此，他专门给燕王下了一道手谕：朕观成周之时，天下治矣。周公告成王曰：诰尔戎兵，安不忘危之道也。朕之诸子，汝独才智，秦、晋已薨，汝实为长，攘外安内，非汝而谁？尔其总率诸王，相机度势，用防边患，奠安黎庶，以答上天之心，以副吾付托之意！其敬慎之，毋怠！让燕王学周公，而且特别表明他的任务就是防守边疆、安抚百姓，朱元璋可谓用心良苦。他又擢兵部侍郎齐泰为兵部尚书，并谕令齐泰和黄子澄辅佐朱允炆处理朝廷一切事务。而且，他还提前颁下了遗诏：待驾崩之后，太孙允炆嗣位，诸王各自镇守属地，一律不准回京。

朱元璋还想为朱允炆多做点事情，可是不行了。自四月中旬起，他常常处于昏迷之中。即使偶尔醒来，他的神志也很不清楚。这一年五月初九傍晚，一直昏睡不醒的朱元璋忽然睁开了眼睛。他把朱允炆叫到了身边，再次告诉了他一些治国之道。朱允炆听完后，张嘴想问点什么，但最终没有问出来。他看着满头白发、形容枯槁的爷爷，实在不忍心让他再多说了。这时，朱元璋突然剧烈地咳嗽起来，直咳得整个腰身都成了一个弧形。朱允炆赶紧过去为朱元璋抚背。许久，朱元璋的喘息才略略平止。

这时，小张氏抱着宝庆公主走进了朱元璋的寝殿。看到女儿，朱元璋眼睛一亮。他伸出两条瘦骨嶙峋的胳膊，想最后再抱一抱她，但未能如愿，他的胳膊已经没有一丝力气了。洪武三十一年(公元1398年)五月初十，大明朝开国皇帝朱元璋崩殂，终年71岁。他被葬在南京城外紫金山南麓的孝陵，谥号“高皇帝”，庙号“太祖”。

五月十六日，朱允炆在南京即位，是为明惠帝，也称建文帝。但是，朱元璋死前的良苦用心没有奏效，而其大杀功臣的效果却立竿见影。在他死后的第二年，朱棣便率军南下，朱允炆的军队人数虽然占优，但臣无良臣，将无良将，最终落得生不见人、死不见尸的下场。