1673年，因为康熙在削藩问题上处置不当，导致平西王吴三桂起兵反抗清朝政府，其他二藩相继响应，三藩之乱最终在1681年被完全扑灭，但是国家遭受了极大的损失。康熙采纳了安溪大学士李光地的意见，授明郑降将施琅为福建水师提督，在1683年出兵攻克台湾。

1690年至1697年多次击败准噶尔和噶尔丹，史称三征噶尔丹。在雅克萨战役，康熙派遣黑龙江将军萨布素成功驱逐沙俄对黑龙江流域的侵略，收复了雅克萨城（现俄罗斯联邦斯科沃罗丁诺）和尼布楚城（现俄罗斯联邦涅尔琴斯克）。