这是因为他在帮他的儿子拔刺，好让太子朱标没有后顾之忧。但他很早就死了。
朱棣因为是夺了他侄子建文帝的皇位，名不正言不顺，所以他杀了建文帝的那些大臣当然会遭到后市的批评
那不一样
开过的皇帝没有不怀疑大臣的
再说了，开过的功臣搞不好就是和皇帝一起玩泥巴长大的。你现在让人转变思想，告诉别人：“咱不一样了”。别人不一定能够很快的融入角色。
开过的功臣们大多很骄纵，毕竟人家消灭了一个帝国，又开创了一个啊。所以呢，太祖清算大臣呢，一是：“太祖很多疑，脾气不好伺候”；二呢：“大臣很骄纵不法，挑战皇帝的忍耐心”。
成祖就不一样了，毕竟是扯大旗子造反，抢了侄子的宝座。古代很讲究士林归心的。皇帝这样做很失民望的！他再杀了前朝的大臣可就招人骂了。
一般来说，你抢了别人的皇帝宝座，那些在被抢的皇帝手下打工的大臣能不害怕么？工资谁发？待遇变么？
你倒是好，上来就是服不服！不服就看头的，那个人不恨你。嘴上不敢说，晚上回家不偷偷的记在本子上，然后埋在土里，临终告诉儿子，家里院子里埋了我的心愿啊，朱棣这小子狠啊！！
朱棣登基之后，先后建设了东厂，锦衣卫。
这两个机构相当于侦探。
大小事情都在两个机构的监控内。
有这么一个民间故事。两人在谈话，一人说锦衣卫这个机构的坏话。另一人听了，脸色苍白。不久之后锦衣卫的人就把说坏话那人杀了，而没说的那人给了打赏。
可想而知这两个机构的分布，和调查时多么的严密·
朱棣有野心，
朱棣是夺位而上这是中国的传统名不正言不顺所以做同样的事儿后人都不会正视！
清代史学家赵翼说过这样的话：“独至明祖，藉诸功臣以取天下，及天下既定，即尽取天下之人而杀之，其残忍实千古所未有。盖雄猜好杀，本其天性。”赵翼的这种评价虽有过激之处，却指出了朱元璋滥杀的事实。朱元璋做了皇帝后，兴起了几个大案，杀了许多人。
胡蓝案。洪武十三年（1380）正月，御史中丞涂节、商嵩告发胡惟庸南通倭寇北接旧元，意欲谋反。朱元璋命羽林军将胡抓捕，审问得实，磔于市，牵连被杀达3万人。洪武二十三年（1390），有人告发李善长交通胡惟庸情状，朱元璋又将当时已经77岁的李善长赐死，并诛杀其家。吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、靖宁侯叶升因牵连于此案亦被杀。
洪武二十六年（1393）正月，又兴蓝玉案。蓝玉以谋逆罪被杀，连坐被诛杀者达15万人。有人认为蓝玉案与燕王朱棣有着关联。蓝玉是太子妃舅父，因极力维护太子朱标的储君地位，与早已觊觎皇位的燕王交恶。燕王为窃取储君之位，伺机在太祖面前挑唆，致使朱元璋在猜疑的心态下制造了蓝玉党案。
胡蓝案使得大明的开国功臣被屠戮殆尽。
朱元璋和功臣的关系有一个逐渐变化的过程。洪武三年（1370），朱元璋封李善长、徐达、常茂、李文忠、冯胜、邓愈等6人为公爵，另外28人为侯爵，并赐给大量土地，同时颁有铁券，如果本人或子孙犯罪，可以免死数次。朱元璋还使皇室与功臣联姻，如郭英之妹为朱元璋宁妃，冯胜、蓝玉、徐达之女皆为王妃。李善长、傅友德、胡海、张龙等勋贵之子皆尚公主，与他结成了儿女亲家。朱元璋是希望通过这些方式确保功臣忠心，巩固自己的皇位，使大明江山传祚无穷。
然而没过几年，这段短暂而甜美的政治婚姻就宣告结束。洪武五年（1372），朱元璋颁布《洪武青花执壶铁榜文》，对文武功臣严加戒饬，严厉指责他们违法乱纪的行径。这可以看作是朱元璋对骄傲放纵的功臣的一种警告，也是他们关系紧张的一个信号。洪武八年（1375），朱元璋制作《资世通训》，洪武十三年（1380）制作《臣戒录》，警告大臣们如果对天子不忠、逾越礼制，将受到严惩。这些功臣们也许没有意识到，朱元璋已经将屠刀举起。
廖永忠是最早被杀的功臣。廖永忠在很多战斗中立有功勋，特别是在鄱阳湖之战中殊死战斗，建国后被封为德庆侯。洪武八年（1375），朱元璋以其私自穿着绣有龙凤图案的衣服逾制为由将其杀死。其实这只是借口，真正导致廖永忠丢失性命的原因在于一个政治隐秘，当年正是他执行了朱元璋谋杀小明王韩林儿的任务。在他之后，朱亮祖、李文忠、徐达先后死于非命。
通常而言，开国皇帝与功臣之间产生矛盾不乏先例，关键是皇帝如何化解这种矛盾。汉代的刘邦心存猜忌，大杀功臣；唐太宗李世民气量宏大，处理较为妥当；宋太祖赵匡胤则采取了另外一种模式，即“杯酒释兵权”，和平解除功臣的兵权。朱元璋的情况与刘邦有些相似，却又不同。帮助朱元璋打天下的功臣，多是他的同乡，甚至汤和与周德兴还是他的同村，是幼时游戏的玩伴。正是这些人在战斗中出生入死，东征西讨，为朱元璋夺得天下。待到朱元璋登基成为皇帝后，他们之间却有了君臣的名分，凡事不可逾制。这些功臣心里也许难以及时适应这种改变，而朱元璋却是一个多有顾忌的君主，矛盾于是不可化解。朱元璋之所以大开杀戒，史家通常认为是他为继位者扫清障碍，永保大明江山。据史书记载，太子朱标对他大开杀戒不以为然，曾数次劝谏。一次，朱元璋命人找来一根长满尖刺的荆棘放到朱标面前，让太子朱标去拿，朱标畏惧不敢伸手。于是朱元璋就对自己大杀文武功臣进行解释：“汝弗能执与，使我润琢以遗汝，岂不美哉？今所诛者皆天下之险人也，除以燕汝，福莫大焉！”意孝陵神功圣德碑思就是说，我杀人就是像去掉荆棘上的尖刺一样，这样你将来才可以安坐天下。可是，他在为子孙扫除障碍的同时，也埋下了祸根。后来，他的孙子建文帝锐意削藩，燕王朱棣立即起兵“靖难”，夺取天下。假使当时蓝玉等能征惯战的开国功臣还在，朱棣未必敢兴兵，建文帝也不用“逊国”了。
朱元璋不仅屠戮功臣，也注意严肃整顿吏治。这与他来自底层，看到元朝因吏治腐败导致灭亡的教训有关。他在明初实行以猛治国的政策，认为乱世须用重典，法外用刑的情况很严重，遭到惩处的官吏很多。
空印案。按照规定，每年各布政使司和各府、州、县都要派遣官吏到户部报告地方财务情况，户部审核清楚才算了结。户部的审核很严格，钱谷数字如稍有不合就得重新造册填报。重新造册不算困难，主要是账册上要有地方衙门的印信才行，而从中央到地方重新盖印往返要很长时间，因此地方官员习惯带些备用的空白文册，一旦遇到驳回的情况，只须重新填写而不必往返了。这种做法已经成为一种惯例，户部也很清楚，照例默认，没有人去追究。再说，这种文册盖的是骑缝印，也不能用作他图，没有什么危害。洪武十五年（1382），朱元璋发现这种情况，非常震怒，认为是故意欺骗他，下令将各地衙门长官主印的一律处死，佐贰官杖一百充军边地。很多人蒙冤受死，其中就包括方孝孺的父亲方克勤，他是当时人公认的好官。
郭桓案。洪武十八年（1385），御史余敏等人告发户部侍郎郭桓等人串通舞弊，吞盗官粮。朱元璋十分重视，将他们全部逮捕。礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志等人亦牵连在内。最后追赃粮700万石，郭桓等数百人被处死，各地布政使官员入狱被杀者又有数洪武刻本《御制大诰》万人。追赃牵连到全国各地的地主，因此破产者不计其数 
