建国以来，有关商鞅变法的意义与历史地位，一直得到正面的肯定与评价。但近年来，史学界已有不少人开始关注商鞅变法的负面因素与历史局限性。这方面的代表性论著有洪家义《论商鞅变法》（《南京大学学报》1994年第1期）、陈涛《秦亡观阐微──对商鞅变法的再探讨》（《太原理工大学学报》2003年第2期）、刘国祥《试论商鞅变法的负面影响》（《长春师范学院学报》，2002年第1期）、李婷、田沐臣《商鞅法治思想与秦亡的关系》、王子今《商鞅的文化肖像》（《学习时报》2000年11月20日）等。

洪家义在肯定历史功绩的同时，指出变法中“压抑工商”、“弃绝文化”、“倡导君主独裁”三大错误及其后果，认为这违背了社会经济发展规律，破坏了文化发展的历史前景，选错了政治体制的方向，由此成为秦朝速亡的原因之一，并为后世君主独裁埋下了祸根。李婷等人则指出，商鞅变法的负面因素集中表现为一是刑九赏一，主张重刑，这势必激起民众的反抗；二是尊君行令，结果造成君主与臣民的对立；三是建立在人性是自然性基础上的法治理论的实施，带来严重的社会问题，导致了民风败坏，而且使政权丧失社会道德的支撑。刘国祥则指出商鞅变法给秦及秦以后的中国社会的发展带来两个不可低估的负面影响：以愚民为手段的变法最终导致整个民族创造性意识的萎缩和窒息；以农耕为主，压制工商业发展的变法举措最终导致整个民族的民主意识的弱化。作者强调，只有充分认识到商鞅变法的种种弊端，才能从前人成功的光环中走出来，冷静地反思历史，真正从历史的经验教训中汲取启迪。

王子今对商鞅变法负面因素的反思，主要集中于它对中国古代文化建设的摧残与阻碍上。他认为，商鞅变法之“术”，其实只是以“富国强兵”为目标的追求短期实效的具体政策。《汉书·武帝纪》颜师古注引用了李奇的说法：“商鞅为法，赏不失卑，刑不讳尊，然深刻无恩德。”后来有人甚至认为商鞅应当为秦国“风俗凋薄，号为虎狼”承担责任（《魏书·刑罚志》）。朱熹也曾经批评：“他欲致富强而已，无教化仁爱之本，所以为可罪也。”（《朱子语类》卷五六）就是说，只是片面追求国家“富强”，而放弃了执政者首先应当致力于文化建设的基本责任。商鞅之政的这一特点，其实司马迁在最早为他作传时已经有“刻薄”“少恩”的评价。太空公以简略的笔法，实际上已经勾勒出商鞅文化肖像的轮廓。应当注意到，司马迁不只是对商鞅个人进行道德品性和文化资质的分析，实际上也发表了对商鞅改革的社会历史效应的一种文化感觉。贾谊《陈政事疏》说商鞅“遗礼义，弃仁恩”，放弃思想文化的建树而专力于军事政治的进取，竟然导致“秦俗日败”，社会风习颓坏，世情浇薄。家族间的亲情纽带也为实际的利益追求所斩断。秦人自商鞅之后兴起功利第一的时代精神，虽然能够“并心而赴时”，致使秦国强盛，“信并兼之法，遂进取之业”，终于灭六国，兼天下，然而在军事成功的另一面，却是文化上的“天下大败”，风俗的败坏，已经“不同禽兽者亡几耳”，所谓“廉愧之节，仁义之厚”，已经难以复归（《汉书·贾谊传》）。《韩非子·和氏》甚至写道，早在秦始皇焚书之前，商鞅已经有“燔诗书而明法令”的政治举措。也就是说，秦始皇极其严酷的遭到千百年严厉批评的焚书坑儒的文化专制主义政策，其实可以在商鞅时代发现先行者。商鞅变法成功了，秦国“富强”了，“大一统”后来也终于实现了，但是商鞅实用主义的极其短视的文化观却因这种成功对于上层执政者产生了有力的影响，而以“刻薄”“少恩”作为文化基底而建成的专制主义帝国的强固体制，也长久地成为扼杀和压抑中国文化之活泼生命力的铁牢。