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北伐南京失敗後，鄭成功所部元氣大傷，並且面臨軍糧不足的問題。為了解決大軍的給養，鄭成功決定前往台灣。永曆十五年（1661年/順治十八年），鄭成功親率將士二萬五千、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，經澎湖，向台灣進軍。荷蘭於台灣擁有兩大防禦要塞，一為位於大員的熱蘭遮城（fortzeelandia，今台南市安平古堡），二為位於台江內陸赤崁地方的普羅民遮城。四月初一（1661年4月30日），鄭軍經由鹿耳門海道進入台江內海並於禾寮港（今台南市北區開元寺附近）登陸，意圖先求取防禦薄弱的普羅民遮城（provinta，今台南赤崁樓）。隨後鄭軍在台江海域與荷蘭軍艦展開海戰，擊沉荷軍艦hector號，取得台江內海控制權，並同時在北線尾地區擊敗荷蘭陸軍，以優勢兵力包圍普羅民遮城。不久，於四月五日（1661年5月4日）即迫使普羅民遮城守軍出降。五月二日，鄭成功改赤崁地方為東都明京，設一府二縣，以府為承天府，天興縣、萬年縣。
永曆十五年（1661年/順治十八年）七月，荷蘭東印度公司從巴達維亞調遣的援軍抵達大員，除了六百多名士兵、十一艘軍艦以外，增援部隊亦為熱蘭遮城帶來大量補給品與火藥。時鄭成功的軍力仍分散台灣各地實行任務，駐守於大員以及普羅民遮市鎮的軍力預估不到三千，遂使荷蘭軍重新燃起反撲的希望。七月中旬，停泊於外海的荷蘭援軍遭遇強風侵襲，被迫離開大員海岸，前往澎湖躲避風雨；其中荷蘭軍艦urck號不幸擱淺，船上人員皆遭鄭軍俘虜。此一變故，使鄭軍獲得整備的暫機，待荷蘭軍艦於八月回到大員海域時，鄭軍雖未能調回多數兵力，卻已然完成作戰的準備。八月中旬，荷、鄭兩軍於台江內海展開激烈海戰，鄭軍大獲全勝，擊沉一艘荷蘭軍艦，並奪取船隻數艘，自此荷軍喪失主動出擊的能力。
永曆十五年十二月，德籍荷蘭士官hansjeuriaenrade叛逃，鄭成功在其提供之情報的幫助下，砲轟擊毀熱蘭遮城的烏特勒支碉堡，使熱蘭遮城之破終成定局。十二月八日（1662年1月28日），荷蘭大員長官揆一修書予鄭成功，表示同意「和談」。幾經談判，荷蘭人終於永曆十五年十二月二十日(1662年2月9日)向鄭成功屈服，退出台灣。
鄭成功下令屯墾台灣的範圍，北達噶瑪蘭（宜蘭），南至瑯嶠（恆春），後因大肚土番與瑯嶠番人的反抗而減緩擴張；鄭成功實際的統治區域大約是從二林（現彰化縣二林鎮）到茄藤（屏東縣佳冬鄉）的範圍之間。
16世纪，西班牙、荷兰等西方殖民势力迅速发展、开始把触角伸向东方。17世纪初，荷兰殖民者乘明末农民起义和东北满族势力日益强大、明政府处境艰难之时，侵入台湾。不久，西班牙人侵占了台湾北部和东部的一些地区，后于l642年被荷兰人赶走，台湾沦为荷兰的殖民地。荷兰殖民者实行强制统治，把土地据为已有，强迫人民缴纳各种租税，掠夺台湾的米、糖，把其收购到的中国生丝、糖和瓷器经台湾转口运往各国，牟取高额利润。荷兰殖民者的统治，激起了台湾人民的反抗。1652年9月，农民领袖郭怀一领导了一次较大规模的武装起义。这次武装起义虽然被镇压下去，但它表明荷兰的殖民统治已经出现危机。
1644年，清军入关，在北京建立清朝政权。1661年4月，郑成功以南明王朝招讨大将军的名义，率2.5万将士及数百艘战舰，由金门进军台湾。郑成功在进军台湾时，向荷兰殖民者表示台湾“一向属于中国”，台湾和澎湖这两个“岛屿的居民都是中国人，他们自古以来占有和耕种这一土地”，荷兰“自应把它归还原主。”经过激烈战斗和围困，1662年2月，郑成功迫使荷兰总督揆一签字投降。郑成功从荷兰殖民者手中收复了中国领土台湾，成为一位伟大的民族英雄，受到广大人民的敬仰。
郑成功
郑成功收复台湾后仅4个月即病逝。郑氏政权把大陆的政治、文教制度移植台湾，重视土地开发和兴修水利，发展对外贸易，促进了台湾经济的发展。到郑氏政权末期，台湾的汉族人口已达12万人。
郑氏政权末期与清政府处于军事对峙状态。清政府平定大陆后，开始谋划进攻台湾，曾经采取招抚方针，企图说服郑氏降清未果。郑氏政权曾多次反攻大陆沿海地区，至1678年秋郑军战败，所占领的东南沿海州县全部丧失，随即完全退守台湾。此时，清朝政府统治中国已成定局，郑氏政权逐步演变成为地方割据政权。1683年7月8日，清政府派福建水师提督施琅率水陆官兵2万余人、战船200余艘，从铜山向澎湖、台湾进发。清军向澎湖守军发起攻击，郑军溃败。郑成功之孙郑克塽率众归顺清政府。
1684年，清政府设置分巡台厦兵备道及台湾府，隶属于福建省。至1811年，台湾人口已达190万，其中多数是来自福建、广东的移民。移民大量开垦荒地，使台湾成为一个新兴的农业区域，并向大陆提供大量稻米和蔗糖，由大陆输入的日用消费品和建筑材料等，使台湾的经济得到相当程度的发展。这个时期．台湾与福建、广东的来往十分密切．中华文化更加全面地传入台湾。
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