大久保利通说：“现在，德川家茂已死，刚继任的德川庆喜没什么威信，而天皇却站在我们这一边，形势很有利。”

西乡隆盛接着说：“我们要趁机打垮德川幕府，何不让天皇下令讨伐他呢？

“对！”众人齐声说。

“不过，那得先让天皇免了长州藩的‘罪’，因为当初幕府是用天皇的名义去讨伐他的。”

几个人商量好了，就去向天皇睦仁报告。睦仁天皇这年虽然才14岁，但是很有雄心。他同意了这个报告，果然下了两份密诏，赦免了长州藩的“罪”，下令讨伐德川幕府。大久保利通等人接到密诏，欣喜若狂，赶紧打开来细细观看，只见上面写着：

“不讨此贼，何以上谢先帝之神，下报万民之深仇！”

大家高兴地叫起来：“天皇英明！天皇万岁！”又低声议论着：“这一回，我们准能成功，看德川庆喜往哪儿跑！”

正在这时候，忽然有一个人气急败坏地跑进来说：“诸位且慢高兴，听说德州庆喜已经见过天皇，主动请求辞去将军的职位。他说要‘奉还大政’，把政权交还给天皇呢！”

原来，德川庆喜感到形势对自己不利，又无法应付，就决定先发制人，主动辞职，免得被改革派彻底打垮。

这条缓兵之计果然发生了作用。改革派内部发生了激烈的争吵。一部分人主张按原计划进行征讨，一部分人认为既然幕府“奉还大政”，目的已经达到，不必再打仗了。结果，后一种意见占了上风。天皇批准了德川庆喜的辞职请求，但随后又下诏由德州庆喜暂时管理政务。这样，把持政权200多年的德川幕府虽然宣告结束了，可是德川家族仍然掌握着-上的大部分权力。

改革派要夺权的目的没有完全达到，当然很不甘心。他们在京都举行了一次会议，决定实行进一步的改革：废止幕府制，由天皇命令德川庆喜辞去一切职务，将全部幕府领地交还朝廷。根据会议的决定，第二天，长州藩的先遣军开进了京都把守宫门，后续部队也陆续开到。第二年（1868年）年初，睦仁天皇颁布诏书，决定建立由他领导的新中央政府，改年号为明治。明治天皇委派西乡隆盛和大久保利通主管政事。

这一回把德川庆喜激怒了。他退居到大阪，准备反击。他对忠于自己的官员们说：“他们这么干，真是逼人太甚，我决不退让！”支持他的官员们也气得大叫；“不能犹豫了，非跟他们拚到底不可！”德川庆喜认为时机已经成熟，立即向朝廷发出“讨萨表”。第二天，幕府军舰在海上炮轰萨摩藩船只，战争宣告开始。在陆上，有1．5万人的幕府军向京都进攻。

以萨摩、长州两藩为主力的政府军队大约有5000人，在京都附近的鸟羽、伏见两地迎击幕府军。双方展开了大厮杀。幕府军虽然人多势众，但士兵们不愿打仗，一上战场，便成群地溃逃。政府军却斗志旺盛，越战越勇。同时，改革派的领袖还提出“减免租税”、“四民平等”等口号，把农民和商人都争取到自己一边，周围各地都表示支持天皇。最后，幕府军伤亡惨重，大败而逃。德川庆喜不得不退守江户（幕府所在地）。他看到自己的军队已经瓦解，江户居民又不拥护自己，再战只有死路一条，于是决定妥协。这年4月，他表示谢罪隐退，不再过问政事。政府军也答应不杀他。随后，政府军开进了江户（后改名为东京并成为日本首都）。

幕府彻底倒台以后，明治天皇按照改革派的愿望，实行了一系列改革：取消了封建的领地制度，改设府县地方政府；限制封建等级特权；振兴工业，由政府投资开办兵工厂、造船厂、纺织厂，然后低价卖给私人经营；和世界各国交往，吸收西方的文化知识。这些有利于发展资本主义的改革被称为“明治维新”。

从此以后，日本走上了资本主义道路，也摆脱了沦为殖民地的危机。不过，明治维新政府是一个以天皇为中心的新地主资产阶级政权，仍然保留着很多封建残余。天皇作为最高统治者的象征，也一直保留到现在。