权臣除去，解决三藩的问题便提到日程上来。三藩各拥重兵，割据一方，独自为政，成为清朝中央政权的心腹大患。康熙决意撤藩，但三藩势力强盛，多数大臣主张姑息迁就。康熙尖锐指出，三藩“撤亦反，不撤亦反，不若先发制之。”1673年（康熙十二年），二十岁的康熙力排众议，果断地下了撤藩令。三藩中势力最大的吴三桂，闻讯后率先叛乱，耿精忠、尚之信（尚可喜之子）相继响应。三藩凶焰大炽，一直打到长江，战火几乎燃遍南方半个中国，一时间大有黑云压城城欲摧之势。在这严重关头，举朝震惊。有人建议向吴三桂让步，还有人居然要康熙“裂土罢兵”，使三藩分裂割据合法化，康熙皆予痛斥。他从容不迫，指挥若定，“每日军报三四百疏，手批口谕”，显示出卓越的军事才干。在康熙的英明指挥下，清政府军逐步取得了战争的主动权。1681年（康熙二十年），历时八年之久的三藩之乱终于被平息下去，中国避免了一场大分裂的厄运！这一年，康熙二十八岁。

接着，康熙开展了收复台湾的斗争。当时台湾由郑成功之孙郑克塽（shuang爽）统治，郑克塽居然向清廷提出，准许台湾“照琉球、高丽等外国例，称臣进贡”，妄图使台湾与祖国永远分离。康熙多次争取，郑克塽等人倚仗海峡天险，执迷不悟。1683年（康熙二十二年）六月，康熙毅然派兵渡海作战，一举攻占澎湖，歼灭了郑氏集团的精锐部队。郑氏集团投降。八月，清政府军进驻台湾，台湾重新回到了祖国怀抱。这一年，康熙三十岁。

康熙在十六岁至三十岁期间，擒鳌拜，平三藩，定台湾，清明了-，廓清了内乱，完成了祖国统一的大业，为以后出现的清朝强盛局面奠定了坚实的基础。一代英主康熙皇帝，在青少年时代，就对我国统一的多民族国家的发展和巩固做出了重大贡献。他那超人的胆识和谋略，非凡的治国治军才能，在历史上同龄的皇帝中，找不出第二人。