，月港的开放仍给明朝政府带来了十分可观的财政收入，到1576年，月港的关税收入已超过万两白银；1594年从菲律宾流入的白银应当超过264000两，月港的关税收入则达到29000多两白银，以至于人们将月港看成是“天子之南库”； 月港海防馆后改称为“督饷馆”，专门管理月港海外贸易和收税。福建地方和和漳州地方政府为这笔税银曾多次争夺归属权，到1599年，明神宗食指大动，派遣宦官充当税使进入福建，月港出海商船的税银征收权也被其夺取了。
总的来说，“隆庆开海”的主要措施“月港开放”，由于从一开始就以“于通之之中，寓禁之之法”为原则，不允许漳泉二府以外地区商民对海外贸易的参与，以月港地区的开放来成就全国绝大部分沿海地区的“海禁”，它只能导致走私贸易的兴起。月港的开放十分有限，对本国海商非但未能提供任何方便的贸易条件，相反却制定了许多苛刻的限制，从而使中国海商在国际贸易中最终因没有国家实力为后台，不敌西方殖民势力的竞争和剿掠而无法扩张贸易规模；明朝政
府把对外贸易口岸限定在地处偏僻远离内陆商品货源地并且有重山相隔的闽南，其本身就是为了使月港开放对内地的影响降到最小，这也就大大降低了对全国经济发展的意义；月港排斥外地商民参与开海贸易的活动，从而在全国商民中造成了一种不公平的海外贸易环境，也没能达到消除海盗源头的目的，反而因此激起走私贸易的泛滥，明末中国沿海又兴起一个“中国海盗的黄金时代”，走私贸易的大规模泛滥，就是明证。
明朝天启二年(1622)，“以有事红夷，遂严海禁”（《明实录》），严禁中国商船出洋兴贩；荷兰殖民者先后占据澎湖、台湾，“明则夺我商贾，而阴或勾我奸人，……。”致使天启、崇祯之际，东南沿海的走私贸易与海寇商人活动兴盛一时。而走私贸易一旦规模化，又摧垮了月港合法贸易。至天启年间，月港就已衰落了。
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