制碑文刻成石碑竖立在教堂前面。这一举动等于默认了汤若望有自由传教的权力。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众达上万人。

　　顺治十七年（1660年），汤在赐地上修建了一座圣母堂，堂前树碑，以满汉两种文字记载这个殊荣。汤的名望在中国达到了古往今来所有传教士的顶峰。

　　顺治十八年（1661年），顺治皇帝驾崩后，汤若望的地位每况愈下。文人杨光先作《摘谬论》和《辟邪论》，分别攻击西洋新法和基督教。杨光先在《摘谬论》中认为汤若望别有用心用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举。《辟邪论》以中国传统伦理观念为参照系全面批驳基督教义，激化了各方面矛盾。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代其履行公务。杨光先代表着儒士、回教徒等反西方传教士的一批人。这些人支持杨光先，使这一案件越发复杂。朝廷公开审理此案，汤若望和钦天监七位官员被判处死刑。孝庄太后直接干预此案，汤若望才被释放，历科李祖白、春官正宋可成、秋官正宋发、冬官正朱光显、中官正刘有泰五名中国官员被处死。九十六刻的新历法被废除，依旧采取一百刻的大统历。

　　康熙五年（1666年），汤若望在失望和悲痛中去世，由于当年顺治皇帝赐下的墓地被没收，传教士们只好把他葬在别处。其他传教士被驱逐出境。

　　康熙八年（1669年），康熙消灭鳌拜亲政三个月后，恢复了汤若望的尊号，肯定了他的贡献，他的墓地被归还，遗体也被重新安葬，康熙派遣官员前往凭吊。康熙皇帝又和祖母太皇太后一起率领朝中所有大臣，亲临墓地按照中国礼俗悼祭汤若望。汤若望在去世三年后终于得到了他一生所做贡献相应的回报。他的所有名誉都得到恢复（“通玄教师”这一称号因讳被改为“通微教师”）。当时被处死的五位钦天监官员也同时得到了平反。

　　康熙九年（1670年），九十六刻历（沿用至今的农历）重新开始推行。

　　但康熙中后期以后，清政府对传教活动控制越来越紧，最终进入全面禁教阶段。

　　汤若望依靠科学行事，而非主观臆断或顾及政治因素。他这一率直的做法不符合中国国情以及那些潜规则，得罪了包括回回科秋官正吴明炫一党、明大统历的拥护者杨光先等一些守旧势力。在宗教上，

由于基督教比较得宠，又受到了回教、佛教、儒教的嫉妒和打击。在政治上，他又是坚定的保皇派，所以又遭到了保守派和野心家多方打击。这个洋人曲高和寡中领教了国人的“厉害”。

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