1854年2月，在天京大兴土木，重建天朝宫殿（俗称“天王府”）。1856年4月5日，太平军再克扬州，一破清“江北大营”。6月20日，太平军一破清“江南大营”，天京围解。
1858年，清军乘太平天国内讧之后，重建江北、江南大营。
1853年5月8日林凤祥、李开芳等奉命率师两万余人北伐。北伐军虽然一度进至天津附近，因孤军深入，被清军围困。1855年3月，林凤祥在直隶东光县连镇受伤被俘，不久被押到北京处死。李开芳在山东茌平县冯官屯被俘，6月在北京被处死。8月1日黄河铜瓦厢决口，河水大改道。
1853年6月3日，胡以晃、赖汉英、曾天养、林启荣等奉命督战船千余，溯江西征。先后攻下安庆、九江、武昌等地。1854年，西征军在湖南遭遇新建立的湘军抵抗，湘军反攻至九江附近。1855年初，翼王石达开大破湘军，复陷武昌。太平天国前期，军政大事由军师负责，洪秀全退居幕后少理朝政，大权落在东王杨秀清手上。1856年（咸丰六年）6月，太平军攻破清军向荣的江南大营，解天京三年之围。清军统帅向荣在8月9日自杀后，其死讯不久便传入天京，东王杨秀清见当时太平天国形势大好，便另有图谋，假装“天父下凡”迫天王封他为“九千岁”。北王韦昌辉在这时请求天王诛杀东王，天王不肯。后来陈承瑢向天王告密，谓东王有弑君篡位之企图，天王密诏北王、翼王及燕王秦日纲铲除东王。韦昌辉在9月1日到天京，与秦日纲在夜间入城，2日凌晨突袭东王府，杨秀清及其家人被杀，东王部属、他们的家人及其他军民共2万多人亦被杀，史称“天京事变”。
翼王石达开抵达天京后，责备韦昌辉滥杀，二人不欢而散，石达开当夜逃出城外，韦昌辉其后尽杀翼王府中家属。
石达开从安庆起兵，声讨韦昌辉，此时在天京以外的太平军大多支持石达开。洪秀全为平众怒，11月2日将韦昌辉处死，不久又处死秦日纲和陈承瑢。1856年12月，太平军撤出武昌。1857年春天，李秀成与陈玉成击败清军秦定三部，北上六安、霍丘，与捻军会合。天京事变后，太平天国合朝推荐石达开主持朝政，但洪秀全却忌惮石达开的声望才能，不肯授予他“军师”的地位，只封他为“圣神电通军主将义王”[4]，局势稍见好转后，又对他产生谋害之意[5]。为免再次爆发内讧，石达开被迫率数千人逃出天京，前往安庆。1857年9月，洪秀全迫于形势的恶化遣使请石达开回京，石达开上奏表示不会回京，但会调陈玉成、李秀成、韦俊等将领回援，并以“通军主将”身份继续为太平天国作战，洪秀全诏准了这一方案，天京官方遂承认石达开此后的作战是太平天国的远征活动。此后，石达开先后转战于天京外围的江西、浙江、福建等省，牵制大量清军，支援天京、安徽战场。1859年年春，石达开入湖南，发动“宝庆会战”，欲取上游之势，再下趋湖北，配合安徽太平军作战，并伺机分兵入川。彼时湘军正计划分兵三路进攻安庆，闻石达开长驱直入湖南腹地，军心全线动摇，只得将因势利导，全力援湘。面对湘军的重兵驰援，石达开孤军作战，未能攻克宝庆，被迫退入广西休整。1861年年9月，石达开自桂南北上，为北渡长江，夺取成都，建立四川根据地，转战川黔滇三省，先后四进四川，并于1863年4月渡过金沙江，突破长江防线，但为大渡河百年不遇的提前涨水所阻，陷入重围，多次突围不成。四川总督骆秉章遣使入太平军中谈判，经协议，太平军自行遣散四千人，剩余两千人保留武器随行，在石达开被押往成都后，清军背信弃义，两千官兵战死。1863年年6月27日，石达开在成都就义，余部坚持战斗，其中李文彩部直到1872年4月才在贵州大塘覆灭，是最后一支败亡的太平军。不少学者认为，应以石达开远征军李文彩部的覆灭作为太平天国运动的结束标志。天京事变后，太平天国合朝推荐石达开主持朝政，但洪秀全却忌惮石达开的声望才能，不肯授予他“军师”的地位，只封他为“圣神电通军主将义王”[4]，局势稍见好转后，又对他产生谋害之意[5]。为免再次爆发内讧，石达开被迫率数千人逃出天京，前往安庆。1857年9月，洪秀全迫于形势的恶化遣使请石达开回京，石达开上奏表示不会回京，但会调陈玉成、李秀成、韦俊等将领回援，并以“通军主将”身份继续为太平天国作战，洪秀全诏准了这一方案，天京官方遂承认石达开此后的作战是太平天国的远征活动。[6][7][8][9][10][11][12][13][14][15][16]此后，石达开先后转战于天京外围的江西、浙江、福建等省，牵制大量清军，支援天京、安徽战场。1859年年春，石达开入湖南，发动“宝庆会战”，欲取上游之势，再下趋湖北，配合安徽太平军作战[17]，并伺机分兵入川。彼时湘军正计划分兵三路进攻安庆，闻石达开长驱直入湖南腹地，军心全线动摇，只得将因势利导，全力援湘。面对湘军的重兵驰援，石达开孤军作战，未能攻克宝庆，被迫退入广西休整。1861年年9月，石达开自桂南北上，为北渡长江，夺取成都，建立四川根据地，转战川黔滇三省，先后四进四川，并于1863年4月渡过金沙江，突破长江防线，但为大渡河百年不遇的提前涨水所阻，陷入重围，多次突围不成。四川总督骆秉章遣使入太平军中谈判，经协议，太平军自行遣散四千人，剩余两千人保留武器随行，在石达开被押往成都后，清军背信弃义，两千官兵战死。1863年年6月27日，石达开在成都就义，余部坚持战斗，其中李文彩部直到1872年4月才在贵州大塘覆灭，是最后一支败亡的太平军。不少学者认为，应以石达开远征军李文彩部的覆灭作为太平天国运动的结束标志。1863年12月21日，天京外围要塞尽失，并严重缺粮，忠王李秀成建议“让城别走”，洪秀全不准。
1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位。7月19日天京失守，李秀成、洪仁玕护送幼天王突围。李秀成让好马给幼主，混乱中与幼主失散，于同月22日在南京城外方山被俘，亲书供状数万字后（《李秀成自述》），于8月7日被曾国藩处死。10月9日，洪仁玕在江西石城（今江西石城县木兰乡新河村古岭组）兵败被俘，11月23日在南昌被杀。10月25日，幼天王洪天贵福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。长江以南的太平军余部谭体元部队在1866年初于广东梅县被肃清，江北的太平军赖文光部投入捻军，于1865年杀清军名将僧格林沁，继续对抗清军直至1868年。东捻军于1868年1月5日在扬州东北瓦窑铺覆灭，西捻军于同年8月16日在山东茌平徒骇河被李鸿章消灭。最后一支使用太平天国年号的残余捻军袁大魁部于1869年在陕北保安被左宗棠消灭。太平天国反对中国传统儒家思想，因此得不到当时国内主流知识分子的普遍支持。定都天京后，太平天国领导层日益腐化，他们贪图享乐，大兴土木建造宫室，并实行严格的等级制度（早年由南王冯云山制订），愈来愈脱离民众。加上太平天国强制推行一些违背民意的措施，例如在首都天京强制男女分开居住（1855年起放宽），凡此种种皆不得民心。主要领导人争权夺利，最后引致领导集团的分裂。1856年秋，正当太平军在战场上不断取得胜利的时候，东王杨秀清自恃功高，挑战洪秀全的地位，引致洪秀全下密诏诛杨，触发“天京事变”，杨秀清、北王韦昌辉及二万余人被杀，太平天国元气大伤。后来翼王石达开因受洪秀全猜疑，带领大军出走，从此太平天国走向衰落。洪秀全晚年用人唯亲，不太信任外人，政事混乱，人心更加涣散。太平天国未能争取外国支持，后期清军却得到洋人支援，形势此消彼长。西方国家认为太平天国的拜上帝教与基督教相差甚远，实为异端。太平天国又不承认清朝与外国订立的不平等条约，加上禁止鸦片入口，损害西方国家的利益，因此英、法两国跟清廷签订北京条约后即支援清军对付太平天国。李秀成进攻上海不成功，导致战局更为不利。天王洪秀全后期不肯放弃天京，不肯转移至外国列强不能深入的内陆地区发展。太平天国连年战争，造成中国人口大量流失，使生产遭到破坏。江南繁华之地繁华不再，江苏、浙江两地人口锐减，太平天国再也无法得到人民支持。
失败根本原因：农民阶级的局限性
