“百日维新”开始后，清政府中的守旧派不能容忍维新运动的发展。有人上书慈禧太后，要求杀了康有为、梁启超；奕劻、李莲英跪请太后“垂帘听政”；御史杨崇伊多次到天津与荣禄密谋；甚至宫廷内外传言将废除光绪，另立皇帝。9月中，光绪皇帝几次密诏维新派商议对策，但维新派既无实权，又束手无策，只得向光绪皇帝建议重用袁世凯，以对付荣禄。16、17日，光绪皇帝两次召见袁世凯，授予侍郎；18日夜，谭嗣同密访袁世凯，劝袁杀荣禄，举兵救驾。事后，被袁世凯出卖。
1898年9月21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台；然后发布训政诏书，再次临朝“训政”，“戊戌政变”成功。戊戌政变后，慈禧太后下令捕杀在逃的康有为、梁启超；逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖、张荫桓等人。9月28日，在北京菜市口将谭嗣同等六人杀害；徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂(今北京大学)外，全部都被废止。从6月11日至9月21日，进行了103天的变法维新，以戊戌政变宣告失败。

戊戌变法是中国近代史上具有重大意义的事件，①戊戌变法，是一次资产阶级改良运动，是资产阶级变革社会制度的初步尝试。维新派试图在政治上建立资产阶级君主立宪制。在经济上发展民族资本主义，符合历史发展趋势。②它是一次爱国救亡的政治运动。在民族危机加剧的时刻维新派以变法图强、救亡图存为目标，进行广泛的宣传鼓动，希望通过改革，使中国走向独立、民主和富强，从而摆脱帝国主义列强的侵略，表现出强烈的爱国热情，激发人民爱国思想和民族意识。③戊戌变法也是近代中国一次思想潮流的解放。资产阶级接维新派提倡新学，主张兴民权，对封建思想进行了猛烈的抨击，为近代思想起了思想启蒙运功的蓬勃兴起开辟了道路，促进了中国人民的觉醒。维新运动留下的许多遗产，诸如解放思想、变革观念、建立社团、兴办学堂、创办报刊、提倡女学、改易风俗等。更成为中华文明发展史上的宝贵财富。