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汉朝在西域的轮台、渠犁等地驻兵屯田，并置使者校尉统领之。使者校尉是汉朝政府设在西域的最早的地方官员。公元前60年，驻扎西域的日逐王贤掸降汉，天山南北诸地均归汉朝****政府统属。西域都护府的建立，标志着西域诸地自此成为我们统一多民族伟大祖国的组成部分。汉朝在政治、经济、军事等方面加强了西
唐太宗贞观十四年(640年)，唐军占领高昌，于该地置西州，又于可汗浮图城（今吉木萨尔）设庭州；同年在高昌设安西都护府，后迁至库车，改置为安西大都护府。在之后的二十年间，唐军发动了对西****的一系列远征，在657年西****彻底投降，670年安西四镇被吐蕃攻占，693年武周再次占领。702年在庭州设置北庭都护府，后又升为北庭大都护府，管理天山北麓及新疆东部地区的军政事务，而安西大都护府管理天山南部和葱岭以西的广大地区。唐玄宗开元年间，曾在两大都护府之上设碛西节度使，是当时全国八大节度使之一。非汉民聚居区，则设置羁縻府州。同时，还在龟兹、于阗、疏勒、碎叶（一度是焉耆）设军事建制，史称安西四镇。751年7月唐与阿拉伯帝国阿拔斯王朝在西域发生冲突在怛罗斯之战大败于阿拔斯王朝，其后唐王朝在西域的实力并未受到影响，但接踵而至的安史之乱和藩镇割据导致唐朝无力经营西域，并自此退出对中亚霸权的争夺。原本臣服于唐朝的中亚诸国转而臣服于阿拔斯王朝和吐蕃王朝，伊斯兰教文化传入西域，改变了西域各国宗教信仰和文化成分。
1697年，清军击败了准噶尔，控制了新疆东部。1755年，清朝攻占固勒扎；1757年，清朝彻底征服了准噶尔政权。乾隆皇帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。1759年，清朝又平定天山以南因准噶尔部消失而趁机坐大的回部，即伊斯兰教白山派首领大、小和卓反叛，从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全伊斯兰化。之前此区域统治民族准部蒙古全民信奉藏传佛教。1762年，清朝在固勒扎设立伊犁将军，统一行使对天山南北各地的军政管辖。1771年，土尔扈特人在首领渥巴锡的带领下回归祖国。1820年到1828年，大和卓之孙张格尔在浩罕封建统治者与英国殖民者怂恿支持下，3次潜入南疆发动叛乱。
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