南京博物院在做好院内陈列展览工作的同时，充分发挥专业优势，联合省内兄弟馆共同举办展览，整合江苏文化，曾举办有《吴文物联展》、《江苏３０年出土文物联展》、《江苏省征集文物展览》、《〈江苏省出土文物精品赴京展览〉预展》、《江苏文物选展》等。２００２年，在中共江苏省委宣传部、江苏省文化厅、江苏省文学艺术界联合会的领导与倡议下，南京博物院承办的《吴韵汉风·江苏文物精品展》作为第三届“相约北京”的大型系列活动之一在中华世纪坛世纪大厅与观众见面，参观人数超过二十万人次。此外，南京博物院还发挥院内陈列设计人才的优势力量，帮助省内外各兄弟博物馆及其它专业博物馆设计和布置展览，如新建的徐州博物馆、淮安周总理故居陈列馆、张家港市博物馆、武进博物馆、武汉市博物馆、长沙中国简牍博物馆以及南京医药大学中医博物馆、南京李香君故居陈列馆、王谢故居、钟山宾馆“励志社”史料陈列馆等，均由南京博物院帮助设计和布置完成。 南京博物院自建院之日起，始终把陈列工作摆在十分首要的位置，在不同的历史时期，根据不同的社会需求，先后举办了上千次形式多样、内容丰富的展览活动，有基本陈列、临时陈列、巡回展览、引进展览、出国展览，同时还协助兄弟馆举办与制作展览。七十年之中，从事陈列展览工作的前辈们，不停地总结经验，广开思路，拓展创新，根据自身的藏品特点和社会需要，不断地改进充实院内基本陈列。

１９５３年至１９５９年间主要有《社会发展史展览》、《原始社会陈列》和《中国历史文物陈列》、《清代前期陈列》。１９６０年将基本陈列修改为《江苏历史文物陈列》，突出介绍江苏的历史。第二年十月，经过调整和充实，《江苏历史文物陈列》正式对外开放。１９８９年，在全面调查与调整的基础上，更改为《长江下游五千年文明展》。１９９９年１０月“物华天宝”艺术陈列馆的建成与开放，再次集中体现了南京博物院的基本陈列在内容上注重文物的艺术特性与科学价值，将中国古代艺术史与考古学完美结合的新思路。

《江苏历史文物陈列》的成功，标志着南京博物院陈列展览工作的成熟。整个展览以社会发展史的脉络为主干，以实物、照片、辅助资料相结合的形式生动地展现了江苏地区-、经济、文化发展的状况。它开创了我国博物馆地方通史陈列的体例。这种陈列模式一直主宰着我国博物馆基本陈列的体例与框架。

《长江下游五千年文明展》是在对传统的地方性通史陈列反思基础上的再一次探索和创新。它首先打破了纯粹按时间先后进行通史陈列的旧框框，以文明发展为脉络、地方文化为主题，涉及长江下游苏皖两省、上海市及浙江、江西的部分地区。展览分为历史的创造者、古代文明之光、向近代文明过渡三大部分。第二部分是展览的重点，分凝聚人文之美的玉石器、文明的发端——青铜器、髹漆出东南、举世闻名的陶瓷文化、传播文明的交通工具、“衣被天下”的纺织刺绣、精细美味的江南饮食、玄妙虚幻的佛道神灵、依水临河的江南建筑等九个专馆，前四个是独立的文物陈列，后五个是综合性的与衣、食、住、行、宗教有关的文物陈列，达到雅俗共赏之目的。展览共展出实物、模型、复制品、辅助画、照片、拓片等合计１７８３件，以实物为主，每一类文物大致依时代先后顺序排列，将长江下游五千年辉煌的文明发展历史分门别类地展示，首创了区域文明展的陈列模式，令人耳目一新。

１９９３年，在南京博物院建院６０周年之际，增办了《江苏考古陈列》，内容与形式都有全面的突破与创新。经反复调研，展览采用对典型遗址或墓葬的原貌进行复原的方法，引进舞台布景、沙盘、建筑、电影、灯光、绘画等艺术形式，与文物有机地结合，恰到好处地展现了江苏的考古成就，尤其是将苏南、苏北、苏中各地区十几个遗址与墓葬的自然环境与文化信息进行复原，使观众可于八百多平方米的展厅里看到江苏各地的古文化风貌，为研究和宣传江苏文化形成机制提供了极好的资料。