河姆渡遗址的保护利用起步较早。１９８６年浙江省文物局、余姚市政府委托有关部门制定了河姆渡遗址保护、建设总体规划。随后，搬迁了遗址及渡口南岸的村民住宅以及乡办拉丝厂、机电站、排涝站、采石场等，解决了迫在眉睫的遗址保护问题。１９９０年初开始筹建遗址博物馆，由文物陈列馆和遗址现场展示区两部分组成，把遗址保护和利用紧密结合在一起。

河姆渡遗址的前期保护和利用，既解决了一些迫在眉睫的遗址保护问题，又取得良好的社会和经济效益，每年前来参观的人数不断增长，极大地宣传和扩大了河姆渡遗址在国内外的影响，也得到了上级部门的肯定与好评。但也存在着一些问题和矛盾。

首先，当地经济发展、人口增长与遗址保护和利用的矛盾。河姆渡遗址地处余姚市河姆渡镇东部，与宁波市江北区慈城镇毗邻，这里原来经济落后，交通闭塞。随着河姆渡遗址保护和利用工作的开展，这里的交通基础设施得到根本改善，极大地方便了人员和货物的进出，促进了当地工农业生产发展。改革开放以后，河姆渡周围进行了以种植茭白、蔺草等经济作物为主导的农业产业结构调整，私人企业也如雨后春笋般迅速发展壮大，农民的经济收入、生活水平迅速提高。又由于人口的不断增长，遗址周围的村社纷纷要求改善居住条件，住宅等构筑物正逐步向保护区内发展渗透，原保护区内及其周边的小村庄正向大村庄发展，逐渐影响到河姆渡遗址周围环境风貌保护，对遗址的整体保护产生着愈来愈严重的负面效应和沉重压力。

其次，陈列展示方法落后，参观内容单一。现在的文物陈列馆自１９９３年５月开放至今已有十年，基本的出土文物陈列未作大的调整与充实，长时间的一副老面孔自然难有回头客