多年来，敦煌研究院立足于壁画与土遗址保护研究方面的工作，通过立项、申请课题，多方争取经费，在壁画病害机理研究，壁画修复材料工艺研究，壁画颜料与胶结材料分析研究，石窟、土遗址的保护加固研究，土遗址环境监测、调查研究，防沙、治沙综合治理，以及计算机技术与数字技术在壁画保护中的应用研究等多方面作了大量的工作，取得了一定的成果。承担或主持了国家自然科学基金项目、省部级科研项目数十项以及多项国际合作项目。在敦煌研究院与合作研究单位的科研人员共同努力下，各项研究课题进展顺利，按计划完成了项目指标和研究内容，同时随着研究工作的深入，多项成果又形成新的交叉学科生长点，并继续得到国家和甘肃省有关部门的支持。
敦煌研究院现已完成和正在进行的由甘肃省科技厅、国家文物局、国家科学技术部、国家自然科学基金委员会等部门下达的保护科研项目５０多项。其中获国家及省部级奖１２项，国家发明专利１项。特别在壁画病害机理、壁画修复、保护材料、修复技术与工艺研究、颜料分析和变色机理、木建筑窟檐保护涂料、石窟环境保护、风化砂岩石雕加固、砂砾岩石窟岩体裂隙灌浆、古代土建筑遗址的保护加固、敦煌壁画的计算机存贮与再现系统的研究等领域均取得了重要成果和进展。这些成果已应用到了敦煌石窟乃至西部地区的石窟、壁画、彩塑和土遗址保护加固中。 敦煌研究院保护研究所是中国最早进行壁画修复和科学保护研究的科研机构之一，６０年来做了大量的工作。特别是莫高窟起甲壁画修复技术、壁画整体揭取回贴技术、空鼓壁画的灌浆加固等技术的成功，是壁画科技保护中的重大成果，这些技术对类似的壁画保护具有广泛的应用价值。至今，采用这项技术修复了敦煌石窟起甲壁画３０００多平方米，这项技术还广泛应用于甘肃、青海、新疆、西藏、河南等省部分石窟、寺庙、墓葬壁画的保护，
