仙人洞遗址和仙水岩崖墓群存在问题类似，保护的对象和方法也基本相同，主要是保护遗存——洞穴——山体和环境治理。

一、遗存保护

按照考古调查、勘探资料，仙人洞遗址洞穴和洞口一带有遗存分布的地方为遗址主体，实行整体保护，除经批准的科学发掘外，不得动土进行任何建设及扰乱地层的活动，树立禁碑，警示于众。对仙水岩崖墓群已发掘清理的主要洞穴，可予复原，将棺椁回置原处，已损坏的洞穴封门板和土坯墙可适当修复，保持原貌。

对遗存保护，常常见到修建围墙等保护设施。使用这类设施要考虑当地环境，如果处在建筑环境之中，修建保护墙是可行的，而在别的场合就不合适了。试想：如果用围墙把仙人洞遗址围护起来，那么天然洞穴岂不成了“家园”，哪里还有原始人群生存的环境呢？修建围墙是个简单的办法，但不是最好的办法。在某种条件下，开挖隔离沟比修围墙好，保护了环境空间的原真性。

二、洞穴保护

无论是仙人洞洞穴还是崖墓墓穴，都带有不同程度的人文因素，成为遗存的组成部分，要视同遗存一样加以保护。洞穴保护，要先对岩洞进行全面调查，做好地质病害的详细记录。对岩体裂隙、岩石风蚀等，可采用化学喷锚、灌浆粘结加固的面层防护等措施，对岩脚失稳可采取砌块、堵挡、支撑等加固工程。所采取的保护措施不得损坏岩体，化学措施要先实验，取得可行性结论后始得使用。加固工程要具有可再处理性，以利以后重修。

三、山体保护

仙人洞遗址和仙水岩崖墓群都存在开山取石的严重问题，不仅破坏山体、岩体，还可能引发地质灾害。当地政府应下决心，采取果断措施，禁止一切开采山石的活动和其他建设工程，禁止上山砍柴割草、损毁森林植被。对因采石被破坏的山体，尽可能利用土石方填补，种植当地常见的林木，逐步以绿化覆盖。同时，制订必要的保护规章和办法，加强管理措施，防止人为的破坏。

对山岩的风化剥蚀雨水冲刷、泥石流和洪水等自然灾害，可采取生物措施和防治工程，在山顶和岩顶科学种植护岩植物（灌木和油草），防治泥沙流失和岩石风蚀，以保护山体和洞穴。仙人洞遗址防治雨水和山洪灾害，可在山脚以上适当高程沿小荷山走向开挖沟渠，将水引入文溪。并可根据需要，在山脚与文溪之间修筑防洪堤，防止洪水暴涨浸没遗址。

四、环境治理

每一处文物都处于一个相应的环境之中，文物与环境有着历史的、社会的、自然的联系，是一个有机的统一体，但在历史演进、经济和社会发展的进程中，文物的环境也发生巨大变化，常常与文物出现明显的时空反差，因此，必须进行环境治理。

环境治理主要是对文物周围一些影响和损害历史环境风貌和景观的人为因素，采取整治的综合措施。仙人洞遗址应该有一个原始人群生存和生活的环境，遗址附近不能有任何建筑物，已有的应清除，包括那里的水泥厂。远处的村、镇要加以控制，不能向遗址方向发展，而且要营造隔离林带，把遗址与居民点分隔开来。在视线所及范围内，包括山岭和田园，进行生态绿化建设。

仙水岩崖墓群是风景旅游区，治理环境尤为重要。沿仙岩、水岩一线，泸溪河两岩要保护崖墓悬棺的神奇景观和泸溪河的山水风光。在这一水上旅游线的视域内，不得进行任何建设，包括旅游设施建设，已有的村落要控制发展和现代建设，并营造隔离林带。仙水岩山背应保持山林野趣，控制人为因素，防止出现成片的居民点和现代建筑。自山脚至２０６国道应进行环境整治，提出明确的调控要求，清理环境中的不良因素，全面保护仙水岩崖墓群的自然生态环境和山水风光。