日本奈良、京都市的文化遗产保护主要是围绕平城京、平安京的文化遗产及其传承展开的。日本的国立博物馆只有三个：东京国立博物馆、奈良国立博物馆、京都国立博物馆，奈良、京都在日本文化遗产保护上的地位也由此可见。除国立博物馆外，主要从事文化遗产保护、利用的单位还有：奈良国立文化财研究所、奈良县立原考古学研究所、京都市文化财保护课等。其中，设在奈良的“奈良国立文化财研究所”与东京的“东京国立文化财研究所”于 ２００１年４月在政府机构改革以后合并为“独立行政法人文化财研究所”，成为日本文化遗产研究的中心。
在奈良、京都的各类文化遗产中，最具历史、艺术价值的部分现已以“古都奈良的文化遗产”和“古都京都的文化遗产”为名，被联合国科教文组织登录为世界文化遗产。
“古都奈良的文化遗产”共有８处：东大寺、兴福寺、春日大社、元兴寺、 药师寺、唐招提寺、平城宫遗址、春日山原始林。其中前６处为国宝级的建筑物及其周边历史遗迹，最后２处为特别历史遗迹、特别自然纪念物。
“古都京都的文化遗产”共计１７处：贺茂别雷神社（上贺茂神社）、贺茂御祖神社（下鸭神社）、教王护国寺（东寺）、宇治上神社、高山寺、西芳寺（苔寺）、天龙寺、清水寺、延历寺、醍醐寺、仁和寺、平等院、鹿苑寺（金阁寺）、慈照寺（银阁寺）、龙安寺、西本愿寺、二条城。
从《古都奈良的文化遗产》和《古都京都的文化遗产》的名录中可以看出，日本的世界文化遗产，主要是以建筑物为中心的“寺社”（寺庙与神社）及其周边历史环境，向全世界展示了日本古代敬天敬地敬鬼神这一重要文化特色。
在谈到保护文化遗产的周围环
