中国资本主义萌芽研究是现代中国史学的主要组成部分之一，对于现代中国史学的发展曾起过非常重要的推动作用。这种作用表现在：首先，这个研究突破了长期支配中国传统史学的那种“中国即天下，天下即中国”的狭隘眼光，把中国历史纳入世界历史的范围之中来加以研究，从而促使中国史学摆脱了原有的封闭状态，成为国际现代史学的一个部分。特别要强调的是，这个研究实际上是以欧洲经验作为参照系来研究中国，而这一点也很有意义，因为在世界历史从前近代到近代的转变过程中，欧洲占据了突出的地位，因此其经验对于其他国家的研究来说自然也具有重要的参考价值。再次，这个研究打破了自黑格尔以来盛行于西方的“中国停滞”论及本世纪中期以来流行的“冲击—回应”模式的束缚，使得我们能够以发展的眼光来看待中国的历史，并把研究的重心放到中国自身，着重从中国内部去发现推动近代中国历史发展的动力。复次，这个研究促使学者们对于与“资本主义萌芽”相关的商品经济、雇佣劳动、早期工业化等重要问题，进行了深入的探讨。即使是不赞同“资本主义萌芽”这一提法的学者，也不能不接受这些探讨所得出的成果和结论。最后，在对资本主义萌芽本身的研究上，方法和理论也有明显的改进。这对于中国经济史学之社会科学化也起了重要作用。总而言之，这个研究，对现代中国史学的发展确实起了不可磨灭的积极作用。


然而，以往的资本主义萌芽研究中也存在着若干重大问题，使得这个研究今天面临着严峻挑战。

首先，在我国，由于特定的历史环境，资本主义萌芽并不仅仅是一个单纯的学术问题，而且也是一个具有强烈民族感情的问题。在近几百年中，西方迅速地走到了中国的前头，并使中国受尽了凌辱。之所以如此，一个重要原因是在西欧出现资本主义。按照一种简单化的逻辑，可以得出这样的结论：倘若我们不接受帝国主义者所宣扬的西方优越论及西方侵略是推动近代中国历史发展的主要力量的谬论