中医的理论基础是阴阳五行说。但阴阳包括不了虚实，所以有阳虚、阴虚之分：也不能完全代替寒热表里，所以阴阳不得不和它们一起并列为“八纲”。中医传统的病因说是七情，六淫。但六淫包括不了吴又可发现的“异气”，也无法用传统的方法来对付这种“异气”，所以温病学得以自成一家，居于阴阳五行、七情六淫之旁。
    现代医学代替西方中世纪医学，开始于一个一个具体的问题：心脏的构造、血液的循环，人体结构、巴斯德的细菌病因学、弗莱明发现青霉素、琴纳发明种牛痘……几乎都是各自为战，没有统一的指挥，没有统一的理论，但他们都面向一个目标：实事求是地认识人体，对付疾病。最后联合起来，成为庞大的现代医学联邦。直到现在，理论也不能达到高度的统一。细菌病因说不能解释心血管疾病。而各自为战的情况也仍然在继续：研究癌变，研究爱滋病等等。在这个新的进军中，中医也不甘落后。
    在对付疾病这个战场上，中西医应该协同作战，在协同作战中，先实现一些局部的联合，待时机成熟，再建立统一的中华新医学。
在协同的过程中，中医应该不断地抛弃那已被证明是错误的东西，比如肾主生殖，命门、三焦之类。在技术手段落后的古代，对人体的认识有许多错误，不足为怪，西方也是如此。从《内经》时代起，到王清任止，甚至王清任以后，中国医学，把弄清人体的情况作为自己的第一要务。现在，近代医学已经实现了我们的先人世代追求的目标，我们应该欢迎它。这只须在五脏之旁，实事求是地添上第六脏“睾丸”，使它主生殖，而让肾主管泌尿就行了，而不应再讲什么肾藏精之类的呓语。把功能和实际的器官统一起来。在这些问题上，应该胸怀博大，以能者为是。谁的正确，就听谁的，谁能治病，就用谁的。用一句深刻影响了中国命运的俗话来说，就是黑猫白猫，抓住耗子就是好猫。而不能存门户之见，抱残守阙。
    中国将来的医学，应是中华民族的新医学。这个新医学，应是各种有效理论和有用医术的联邦制国家。为建立这样一个“国家”，用不着《周易》。在这个“国家’里，可以把《周易，作一件文物但不必“任职”。