清入关前后，西藏的格鲁派与卫拉特蒙古四部之一的和硕特部首领固始汗联盟，固始汗应其求援，率军入藏，消灭藏巴汗地方政权，统一并控制卫藏，建立甘丹颇章地方政权。固始汗实际成为西藏地方的统治者。

崛起于东北的清王朝深受藏传佛教的影响。1639年（清崇德四年），清政府经藏传佛教高僧伊拉古克三呼图克图的赴清联络，与西藏地方建立联系，并把利用藏传佛教格鲁派以笼络蒙藏人心作为一项战略。1652年（清顺治九年），五世达赖喇嘛应邀觐京，顺治帝待以殊礼，次年（1653年）正式册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，颁发金册、金印。同时，敕封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，颁赐金册、金印。从此，历代达赖喇嘛必须经过中央政府的册封遂成为制度。清朝以政教分治的方式赋予固始汗以*权，其后代亦袭职受封，控制西藏70余年，对安定西藏及加强中央对西藏的治理贡献颇多。

1682年（康熙二十一年）五世达赖圆寂后，第巴?桑结嘉措独擅藏政，蒙藏贵族争权夺利斗争激烈。1690年和1696年，康熙帝亲征噶尔丹，在乌兰布通（今内蒙克什克腾旗境）和昭莫多（今蒙古土拉河与克鲁伦河间）地区两次击溃噶尔丹，从俘虏口中获知五世达赖圆寂和第巴?桑结嘉措沟通噶尔丹等情况。康熙帝十分震怒，敕谕第巴?桑结嘉措将所犯罪行如实奏报。桑结嘉措遣使谢罪，康熙帝考虑再三，为安定西藏政局，“宽宥其罪。”1705年，拉藏汗袭杀桑结嘉措，并呈报清廷废黜其所立之第六世达赖喇嘛仓央嘉措。康熙帝下令将仓央嘉措押解北京，但在“行至西宁口外病故”。拉藏汗另立六世达赖意西嘉措，奏请清廷批准。由于遭到西藏格鲁派集团以及青海蒙古诸部的反对，清朝对拉藏汗失去信任，遂于1709年特派侍郎赫寿入藏协助拉藏汗办理事务，同时于1713年（康熙五十二年）封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”。从此，历代班禅均受中央政府册封也成为一项制度。

西藏政局不安，给新疆的准噶尔部策妄阿喇布坦以乘机插手西藏地方事务的妄想，他联合青海蒙古部落与拉

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