检司以御倭寇的消积防御政策，导致了倭寇更加猖獗的侵扰山东、福建、浙江、广东等沿海地带，广大人民惨遭蹂躏，滨海频频告警，明政府逐步认识到台湾在中国海疆中的重要性，遂于嘉靖四十二年（1563）恢复了澎湖巡检司的设置。万历二十年（1592），日本军阀丰臣秀吉侵略朝鲜，明政府在派军援朝之时，对台、澎也非常关切，明末的顾祖禹在《读史方舆纪要》中写道：“万历二十年，倭犯朝鲜，哨者云：将侵鸡笼（今台湾基隆）、淡水。鸡笼密迩彭湖，于是议设兵戍险。二十五年（1597），增设游兵，春冬戍守。四十五年（1617）倭人犯龙门港，遂有长戍之令，兼增冲锋游兵，以厚其势。”
自十六世纪中叶到十七世纪中叶，由于国内外局势动荡，斗争复杂，一些汉族人以其民间武装力量相继在台湾建立政权组织，他们是林道乾、林凤、袁进、李忠、颜思齐和郑成功之父郑芝龙等人。
天启五年（1625）郑芝龙因颜思齐病故而继任首领。不久，他就使其在台湾的统辖地区、军事组织、民政管理诸方面初具规模。兵锋所及，屡败官军。崇祯年间，郑芝龙还富甲全闽。及至熊文灿巡抚福建时，岁值大旱，百姓饥甚，上下无策，“文灿向郑芝龙谋之。芝龙曰：‘公弟听某所为。’文灿曰：‘诺！’乃招饥民数万人，人给银三两，三人给牛一头，用海舶载至台湾，令其茇舍开垦荒土为田。厥田为上上，秋成所获，倍于中上。”[8]这样，台湾的土地进一步开发，农业又有新的发展，饥民的温饱得到了解决。郑芝龙在台湾的统治虽更加巩因，但并不是台湾的全部。
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