1949年5月16日，蒋介石档案与“中央银行”的黄金一并由国民党海军“中字105号”登陆艇在蒋经国的主持下，从上海运往台湾。在台湾，蒋氏档案一直存放在桃源县大溪镇的专用档案库，由“总统府”大溪档案室管理，俗称“大溪档案”。1995年“大溪档案”移交“国史馆”收存，取名为“蒋中正总统档案”。蒋氏档案内容广泛，数量颇丰，时间跨度为1923-1975年。该馆依据档案的形式特征，将其分为筹笔、革命文献、特交文卷、特交文电、特交档案、领袖家书、文物图书、蒋氏宗谱、照片影集等九个大类，计有4200册27.3万件。
台湾地区现存民国档案，无论是典藏于“国史馆”、党史会，或是由近代史研究所，“国防部史政局”等机构所收藏；换言之，无论是迁台时管理之民国档案，或是后辗转搬迁、移交、变更保管单位，台湾各级档案保藏机构的民国档案，其主要来源，莫不来自祖国大陆。
二是台湾光复后，国民党政权及台湾省政府形成的档案，即1945年后形成的民国档案。如台湾省行政长官公署档案，由台湾省政府秘书处移转“国史馆”，共计629卷；台湾省政府档案，计有77个单位，上从厅处一级单位，下至学校、乡镇公所、地政事务所等基层单位档案，皆有典藏，档案数25493卷，这部分档案较为完整，反映了国民党政权在台湾的统治情况，是研究台湾光复后*、经济、军事、社会等方面情况的主要资料；台湾省地政
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