慈禧皇太后杖责珍妃，正史没有记载，宫廷御医档案，留下一些资料：十月二十八日，太医张仲元请得珍妃脉息，六脉沉伏，抽搐气闭，牙关紧闭，周身筋脉颤动。十一月初一日，亥刻（21～23时），太医张仲元请得珍贵人脉息，左寸关沉伏，右寸关滑数，抽搐渐止，仍觉筋惕肉颤，神识已清，惟气血未调，痰热尚连下行，以致胸膈烦闷，两肋串痛。有时恶寒发烧，周身筋脉疼痛。同日子刻（23～1时），张仲元请得珍贵人脉息，左关沉伏，右寸沉滑，抽搐又作，牙关紧闭，人事不醒，周身筋脉颤动。同一日深夜，将御医请进内宫急诊，可见珍妃病情之急重。根据上述医案，珍妃确受重杖。

　　慈禧皇太后之所以重惩珍妃，其原因主要有五：　　

　　一、对光绪：甲午兵败，慈禧太后将责任推到光绪身上，觉得光绪亲政8年，胆子愈来愈大，甚至有些事情不把圣母皇太后放在眼里。慈禧太后想“杀鸡给猴看”，藉廷杖珍妃，告诫光绪：要是不听话，就给眼色看。

　　二、对皇后：慈禧太后觉得，皇帝结婚5年，对懿定的皇后，既不亲爱，也不敬重。皇帝一心喜欢那个珍妃，太使自己伤心。慈禧太后便借此机会，严厉惩治珍妃，给侄女出口气。

　　三、对珍妃：珍妃自恃长得娇俏，能说会道，深受皇帝喜爱，太后心里气不过。特别是慈禧年轻守寡，产生心理变态。见到别人甜蜜爱情，心理总是嫉妒怨恨，借个机会，惩罚诊妃。　　

　　四、对宫女：内宫应是一片“纯净乐土”，竟然有人串通外朝，卖官鬻爵。珍妃也好，太监也好，卖官之事，确被抓住。于是，慈禧皇太后惩罚珍妃，名正言顺，诫训宫女。

　　五、对自己：慈禧太后藉此，廷杖珍妃，舒解积愤。

　　慈禧皇太后“廷杖珍妃”之举，收到一石五鸟之效。

　　光绪二十六年（1900年）七月二十一日，八国联军入侵北京，慈禧带着光绪皇帝仓惶出逃。相传她临行前命令太监崔玉贵把珍妃推到宁寿宫外的井中害死。这件事情正史没有记载，但珍妃确实是那时死的。因为从那以后清宫档案就没有出现关于珍妃的记载。后来有个太监回忆录提到珍妃被慈禧害死的情况。珍妃之死给光绪造成极大的精神刺激，形成极大的悲苦。光绪帝过着“囚帝”的生活，心情抑郁，病情益重，死于西苑。