、河流，其两翼即现在的宁波市区和余姚西部平原尚处于浅海之中。四明山北麓的地表水可以顺畅排泄，而潮汐的涨落推动湖水有规律的升降，从排涝和灌溉两个方面为稻作农业的产生、发展提供有利条件，这时的水环境总体是有利先民的生产和生活。新绘制的河姆渡遗址孢粉图谱表明，第四文化层时期，水稻的孢粉占总量的５０％，说明这个时候的原始农业已有相当规模，是河姆渡文化的繁荣时期，外部优越的水环境对它起了支撑作用。
河姆渡文化衰落时期的水环境
河姆渡一带出露成陆后，它的两翼仍然被海水所浸淹，太平洋潮流所挟裹的长江、钱塘江的泥砂源源进入这里，淤涨速度超过姚东平原，使河姆渡高地的优势逐渐消失，这里的地表水排泄遇到困难。全新世初大规模的海侵推测在距今６０００—５０００年时结束，海平面趋于稳定，杭州湾喇叭形地形基本形成。姚西平原北部和慈南山地北麓，历史时期兴筑的第一条古海堤——大沽塘一线出现余姚大寨高地、茅湖、慈溪乌龟山和镇海沙溪等良渚文化遗址，说明正常气候条件下，杭州湾的潮汐不再对这里的住民构成威胁，很可能当时已有自然砂堤的卫护。这几处遗址的年代没有作过检测，从所处的位置看，应晚于慈南山地南坡慈湖遗址上层良渚文化５３６５±１２５年树轮校正的年代。杭州湾喇叭形地形形成后，河姆渡一带地表水排泄流程增加，而且潮位托顶时还会堵塞排出口，当天文大潮和台风、暴雨结合时，洪水就有可能淹没河姆渡遗址。
从地层资料看，河姆渡遗址第二、三文化层之间和第一文化层之上各有一层淤泥层，最厚处达百余厘米。淤土中没有检测到海相微生物，说明这是洪水肆虐，陆地沼泽化的遗迹。慈南山地前的童家岙、下庄、慈湖遗址地层中还出现文化层和淤泥、泥炭叠压现象，证实这一带发生过多次洪涝灾害。从孢粉图谱看，河姆渡遗址形成后明显的水域扩张至少有４次：①河姆渡第四文化层中期，孢粉中淡水植物香蒲的含量从先前的５％增加到１７％；②第三文化层晚期，香蒲又从１３％增加到２０％；③第二文化层中期，香蒲从２％增加到１５％；④第一文化层中期，香蒲从７％猛增到２１％。这与水域扩大与雨水多，排泄不畅相关。从河姆渡遗址各文化层出土器物数量递减的情况表明，河姆渡文化呈现衰落趋向。
已发掘的７处河姆渡文化遗址材料显示，该文化没有战争的遗迹，也不存在宗教礼仪上面耗费大量人力、物力的现象，唯洪水的痕迹比较多。所以说是水环境恶化造成该文化的衰落。
姚江改道的问题
余姚平原现在的地形呈四周高中间低的船状特征，而河姆渡一带是余姚境内地势最低的地块，２０世纪５０年代以前这里是咸潮出没、洪涝连绵的烂腐之地。考古学家认为河姆渡文化时期这里的自然环境与现在绝然不同，应该非常的优越，特别当时不应该有姚江横亘在遗址与四明山之间。我们认为现今的姚江出现导致河姆渡文化在这一地区的消失。
据浙江省地质局编制的《杭州、余姚、宁波水文地质普查报告》显示，在晚更新世，四明山北麓的地表水以大隐——慈城高地为分水岭，分东、西两路入海。东路大隐溪水向东北方伸展，在现在的宁波市区汇合奉化江、鄞江的流水后往北入东海。西路余姚江分为两支，一支自河姆渡向西汇合车厩、陆埠溪流水，再向西北经余姚在周巷附近进入杭州湾；另一支自云楼向东经马渚折北从泗门进入杭州湾。全新世初大规模海侵以后，余姚和宁波西郊平原高低不平的地貌有很大改观，但是古姚江的痕迹还是依稀可寻，如河姆渡遗址南面的芝岭溪向东６０°跌落，进入平原后折而向西１８°行进１公里，在元宝山东麓入姚江的水系流向分析，它保留了古姚江向西排水的旧貌。因为从排水现状看，芝岭溪水向东排泄流程短、排泄畅。姚江改道东流是杭州湾喇叭形地形形成、淤高以后，四明山北麓和余姚平原地表水北排受阻引起的。特别是姚江干流上游的曹娥江也同样遇到杭州湾海岸线淤高而排水不畅，向余姚平原分流的新情况，加深了灾害程度，现在每年分流进入余姚境内的水量多达２．７亿方。从余姚平原船状地形看，惟东缘的地面高程稍低２—３米，所以洪水泛滥之际东排的可能性较大。
《浙江省区域地质志》记载，在喜马拉雅山造山运动时，有一条昌化——普陀断裂带横贯浙东平原，其南面有一条次级断裂带，在河姆渡处与姚江河姆渡——大隐段重合。地质条件具备造河要求。其次，原先向西、向东流向的芝岭溪和大隐溪在排泄不畅时也会逆向流动，形成沟头冲刷，剥蚀着河姆渡——大隐高地。第三，当特大洪水漫过这段高地时，也会对地面造成强大的切割。河姆渡遗址南面探坑的上部第一文化层曾被洪水冲刷，我们在大隐城山渡西的河滩上又发现一小片溪滩岩，这里的江面宽１５０米，这片溪滩岩该是当年洪水切割高地的又一证据。总之，杭州湾喇叭形地形形成后，余姚平原地表水北排受阻，在反复持久的沟头冲刷和洪水切割下，河姆渡——大隐高地被冲刷出一条口子，使地表水向东排出，形成河姆渡现在的水环境。
姚江改道东流后，阻断了先民上山采集、狩猎的通道，而海水溯江而上，使先民赖以为生的水稻生产从连年减产到颗粒无收，这样不得不离开这块生活２０００年之久的土地，向外迁徙，另谋生路。
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