公元1938年农历八月十四日，日寇对茅山进行残酷的扫荡、大屠杀，仅茅山三宫五观的道士，就被日寇屠杀了35名，黎洪春亦因拒绝给鬼子带路，被日寇刺杀于华阳洞顶的石头山上。国仇父仇，燃烧着黎遇航年轻的心，他化悲痛为力量，更热情积极投入了抗日工作。抗战胜利后，他仍回茅山西斋道院，任茅山元符万宁宫住持。1949年新中国成立，黎遇航在茅山下泊宫从事教育工作，从1951年至1957年7月在该校历任教师、校长。1953年被选为句容县人民代表，1954年又被聘为江苏省政协委员。1957年4月中国道教协会成立，他被选为常务理事并奉调到北京白云观担任中国道协副秘书长。1961年中国道协召开第二次全国道教界代表会议，黎遇航被推选为副会长兼秘书长。1966年“无产阶级文化大革命”爆发，中国道协被迫停止工作，黎遇航被疏散带薪回到茅山。他并未因此而消沉，而是热情参加地方的血防与节制生育等方面的宣传工作，并参与撰写《茅山抗日革命史》。1980年中国道教协会恢复工作，在第三次道教界全国代表会议上黎遇航当选为第三届中国道协会长，同年被聘为全国政协委员。1986年中国道协召开第四次道教界全国代表会议，黎遇航众望所归，连选连任会长职务。1987年被聘为全国政协常委，兼任全国政协宗教委员会副主任。他重视与港、澳、台及海外道教徒的联系与友好交往工作，1987年曾访问香港道教界，为促进祖国统一大业及增进道教界之间的道谊，作了有益的工作。他重视培养道教界的知识分子，于1990年创办了中国道教学院，并亲自担任院长。1987年中国道协创办《中国道教》杂志，他兼任杂志社社长。黎遇航道长能诗文且喜书画，近年撰写有《道教信仰及教理教义》等论文及诗词娄十首，均刊载于《中国道教》杂志。