蔡元培最终应允复职，只做北京大学师生的校长。他向全国学联代表发出“读书不忘救国，救国不忘读书”的忠告，并发表《告北大学生暨全国学生书》，提出学生救国，重在专研学术，不可常为救国运动而牺牲。9月20日，蔡元培重回北大视事。到校后，他在全体学生欢迎会演说，重申民主治校的理念：“德国大学学长、校长均每年一换，由教授会公举；校长且由神学、医学、法学、哲学四科之教授轮值；从未生过纠纷，完全是教授治校的成绩。北大此后亦当组成健全的教授会，使学校决不因校长一人的去留而起恐慌”。（蔡元培：《我在北京大学的经历》）

　　蔡元培从1917年出任北京大学校长，到1927年离任，其间因出国考察等原故，实际主事五年半，后期多由蒋梦麟代理。他在十年半的任期内，因各种政治原因，曾七次提出辞职，毫无恋栈，足见他从来就不是一个教育官僚。1927年南京国民政府成立后，在蔡元培、李石曾等的推动下，成立了中华民国大学院，蔡元培出任院长，在全国推行大学院区制度，以贯彻他的“教育独立”构想，但实行两年后，即在国民党内外各方的反对下归于失败。此后，他出任中央研究院院长，直到逝世。

　　抚今追昔，蔡公何在？

　　当抗日战争的烽火燃遍中国大江南北之时，这位伟大的思想家、教育家的生命之火燃到了尽头。1940年3月5日，蔡元培在香港赍志以殁。

　　蔡元培的道德文章和教育成就，得到中国各派政治力量的一致推重。国民党总裁蒋介石和中共领袖毛泽东先后发来唁电。3月10日出殡，由北大学生护送灵柩，香港各学校、各商店均悬半旗志哀，执绋者五千余人，参加公祭的各学校学生及社团代表万余人。中央研究院同仁挽联是：“道德救国，学术救国；中心藏之，何日忘之。”

　　3月16日，国民政府发布褒扬令，特拨付5000元作为丧葬费用。24日上午，陪都重庆各界举行公

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