关于科学与玄学的关系，熊十力主张，科学与玄学所以成立的依据全然在于人们对宇宙之不同的把握视角与不同的研究进路。

　　在此基础上，熊十力又进一步探讨了科学真理与玄学真理的具体内涵问题。在他看来，玄学真理既不表现为积极的知识形态，也不表现为所谓单纯的理智形态，而主要表现为一种超越的本体追求精神。至于科学真理，熊十力则依据其对科学的理解，依次概括了它所具有的六个特点:第一，必须肯定客观而又实际的经验世界，此为科学探索与科学真理所以存在的前提基础;第二，科学真理之发现必须依据感官经验，并且还要能够得到经验世界的证实;第三，科学真理之发现还必须依赖于普遍有效、并能为一般人所公认的客观方法;第四，科学真理之存在必须依赖于一定的条件，并随着条件的变化而变化;第五，科学真理之具体内涵也就是存在于具体经验世界中的法则或规律;第六，科学真理虽然具有客观性特征，但对它的发现、认知却离不开人的主观性，而科学的发展实际上也就是不断地避免、纠正人的主观偏蔽的过程。(参见《科学真理与玄学真理》，《熊十力全集》第八卷第140—142页)在这一基础上，所谓科学真理与玄学真理的关系也就主要表现为如下区别:“玄学上真理一词，乃为实体之代语。科学上真理一词，即为事物间的法则。前者为绝对的真实，后者之真实性，只限于经验界……”(《科学真理与玄学真理》，《熊十力全集》第八卷第144页)

　　从这些规定来看，熊十力的科学真理主要是从客观性、对象性、经验性、相对性、认知性以及规律性的角度来把握的，这当然都是从哲学角度给科学真理所下的定义，但这一定义确实揭示了科学真理的一般性特征;而所有这些特征，又都是从科学与玄学之基本区别的角度提出的。直到今天，这些规定仍然具有普遍的有效性。在熊十力看来，科学真理与玄学真理虽然都具有其真理性，但它们却不能“同为真理”，这主要是因为，科学真理与玄学真理本身就存在于人之精神世界的不同层面;从超越的层面看，所有的科学真理必须以玄学真理为归，这也就是由实然的“分殊”走向超越的“理一”;而从具体的经验世界来看，则玄学真理又必须落实于经验世界、落实于具体的事物之中，从而又表现为事物发生发展的具体法则，这又是从超越的“理一”走向具体之“分殊”的过程。自然，这也就进入到科学真理的范围了。

　　值得注意的是，在熊十力对科学真理与玄学真理关系的这一论述中，其所谓科学固然直接源自西方，也确实是西方文化之所长，但其所谓玄学，却并不仅仅是指西方的玄学，而主要是指儒家所一贯坚持的道德理性。这样一来，其对科学真理与玄学真理关系的探讨，实际上也就不仅仅是在讨论科学与玄学的关系，而且也是中西文化的关系问题，甚至更为重要的则在于中国传统文化之如何弃旧图新的问题。正因为如此，所以他所讨论的玄学，也就不仅仅是程朱的天理、阳明的良知，而首先是儒家道德理性的总称;而其所讨论的科学，也不仅仅是西方的科学，而且同时也包含着程朱一系的格物穷理之学。具体说来，熊十力也正是要通过对程朱格物穷理之学与阳明致良知之学的融合会通，以实现对科学与玄学的双向肯定，并通过朱子与阳明的会通，以实现玄学向科学、道德理性向现代科学的转化。实际上，早在20世纪30年代，他就借助朱子与阳明的关系探讨过致良知与格物穷理之学的双向会通问题(参见《十力语要》卷一，《熊十力全集》第四卷第120页);到了40年代的《读经示要》中，他就更为系统地讨论了二者的双向统一关系:

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