东北边郡东汉初因前制，有乐浪、玄菟、辽东、辽西、右北平、渔阳、上谷七边郡。是时高句丽强盛，取东沃沮地，光武建武六年(公元30)，遂罢乐浪东部都尉，弃单单大岭(今朝鲜北部大峰山脉、阿虎飞岭山脉)以东七县，乐浪郡境缩小。玄菟郡则内迁至今辽宁沈阳、抚顺一带，领县虽同西汉，但已非故地。安帝即位，以辽东郡之高显、候城、辽阳三县划属玄菟，又分辽东、辽西二郡地设立辽东属国,安置内附的乌桓、鲜卑,地位与郡等同。东北合有七郡一属国，受辖于幽州刺史部。边郡境外辽水以东为夫余、高句丽，辽水以西为乌桓、鲜卑。乌桓有内属的，布于缘边诸郡，“招来种人，给以衣食，置校尉以领护之”。灵帝中平年间，诸边郡乌桓“各自称王”,至献帝初平中,蹋顿总摄辽东、辽西、右北平三郡乌桓，“众皆从其号令”，又与冀州牧袁绍结姻，势倾北州。建安十二年（207）曹操亲征乌桓,斩蹋顿于柳城（今辽宁朝阳南），东北边郡遂安。乌桓族众随征伐，“由是三郡乌桓，为天下名骑”。

北方边郡东汉初因前制，有代郡、雁门、定襄、云中、五原、朔方、西河、北地等八边郡；代郡属幽州刺史部,北地郡属凉州刺史部,其余六郡属并州刺史部。汉光武建武二十四年（公元48）,匈奴分裂成南北两部,南匈奴附汉，次年，北匈奴震怖，“却地千里”。二十六年春,令南单于入居云中；同年冬,徙居西河美稷县。此后,北方缘边八郡悉有匈奴屯聚,分部归属于右贤王和诸骨都侯、左南将军,总辖于南单于，有别郡县之外,“为郡县侦罗耳目”，守卫汉北方边境。章帝建初以后，又有北匈奴部众款五原、朔方、云中、北地诸郡塞下降汉，北方边郡广为匈奴散居，“生长汉地，开口仰食，岁时赏赐，动辄亿万”，世受汉廷优遇。留居漠北的北匈奴，和帝永元元年（公元89）为汉将窦宪所破，一部分西迁，残留族众为转迁漠北的鲜卑所并。桓帝时，鲜卑檀石槐立国于匈奴故地，北方边郡屡受寇抄。擅石槐死后，鲜卑部众遂离散，边郡稍安。

西北边郡东汉初因前制,有陇西、天水、金城、安定、武威、张掖、酒泉、敦煌八郡。明帝永平十七年（公元74），改天水郡为汉阳郡。安帝又别置张掖属国和张掖居延属国，藉以安置内迁的匈奴。此外，西汉益州刺史部范围的武都郡，东汉划属于凉州刺史部管辖，西北合为九边郡二属国。境内多羌、胡、匈奴各族。羌种繁杂,较著的有烧当、先零、钟羌、卑□、牢姐、烧何、封养、吾良、当煎、滇零、零昌、当阗等，散居金城，陇西、安定、汉阳诸郡；武都郡有参狼羌；金城郡湟中地区有“月氏胡”；张掖郡有“义从胡”。诸羌“或倥偬于豪右之手，或屈折于奴仆之勤”，因不堪东汉统治者的压迫，“群种蜂起”,纷纷反抗,边郡不宁，金城、陇西、安定诸郡都曾一度迁治。河西四郡二属国边地受北匈奴骚扰，自建武至于延光年间，玉门关、阳关曾数度关闭，“西域三绝三通”。西南边郡东汉初因前制,有犍为、□柯、越□、益州诸边郡。明帝永平十二年（公元69），哀牢王柳貌遣子率种人五十五万余口内属，以其地设哀牢、博南二县，又以益州郡西部都尉所领不韦、云南等六县，合为永昌郡。安帝时又以广汉郡北部都尉置广汉属国；蜀郡西部都尉置蜀郡属国，犍为郡南部都尉置犍为属国；合为五郡三属国。灵帝时蜀郡属国改置为汉嘉郡；又于蜀郡北部都尉地设汶山郡。诸郡和属国境内民族众多,有氐、羌、夷、濮、僚等,史称“参差聚落”,“服叛难常”。

南方边郡东汉因前制，有南海、苍梧、郁林、合浦、交趾、九真、日南七郡，但领县、辖区有异于西汉。日南郡南境原象林县地，顺帝永和后为林邑攻占，郡境较西汉内缩；九真郡西部，安帝永初元年（107）,“徼外夜郎蛮夷，举土内属，开境千八百四十里”，较西汉扩展。灵帝建宁三年(170),“乌浒人十余万内属，皆受冠带，开置七县”，分属于郁林、合浦二郡。

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