习仲勋后来回忆，“正在我陷入极端苦恼的境地中，恩来同志受党中央、毛泽东[注: 毛泽东（1893年12月26日-1976年9月9日），字：润之，笔名：子任，曾用名：二十八画生、李德胜，国际共产主义运动卓越的领导者，政治家、军事家。]同志委托，和陈毅同志找我谈话。我向恩来同志表示我的决心：‘总理，您放心，这点我还不会。我准备回农村去做个农民，革命不是为了当官，种地同样可以革命。’”
　　
　　1962年8月，康生在中共八届十中全会上借小说《刘志丹[注: 刘志丹（1903～1936），原名刘景桂，字子丹。中国第二次国内革命战争期间，西北红军和西北革命根据地的主要创建人之一。]》之事陷害习仲勋，把习仲勋等人定为“习仲勋反党集团”，要把习仲勋置于死地。关键时刻，周恩来[注: 周恩来（1898年3月5日－1976年1月8日），字翔宇，曾用名飞飞、伍豪、少山、冠生等，中国共产党、中华人民共和国和中国人民解放军的主要缔造者和领导人之一。]出面保护了习仲勋。周恩来在中央会议上提出，不能把习仲勋定为“敌我矛盾”，他还是我们的同志。周恩来提出，可以把习仲勋安排到中央党校附近，找个安静的房子，让他住在那里学习。中央接受了周恩来的意见。1963年，组织上安排习仲勋到中央党校学习，独居在“西宫所”。对此，习仲勋后来回忆说：
　　
　　正在我陷入极端苦恼的境地中，恩来同志受党中央、毛泽东同志委托，和陈毅同志找我谈话。陈毅同志宽慰我说：“我犯的错误比你大，改了就好。要努力振作起来。”恩来同志亲切地握着我的手，语重心长地说：“党中央、毛主席对你是信任的，让你代表政府做了许多工作，即使出了《刘志丹》小说这个问题，错了就改嘛。我们还是好朋友。千万不要有一念之差。”这饱含着党的温暖和阶级友爱的语言，感动得我忍不住流出了眼泪。我向恩来同志表示我的决心：“总理，您放心，这点我还不会。我准备回农村去做个农民，革命不是为了当官，种地同样可以革命。”
　　
　　恩来同志让我的秘书派车把我妻子齐心接回家来。她一到家，恩来同志就马上和她通电话，嘱咐她防备我有一念之差。我懂得恩来同志对我关怀至深。
　　
　　被隔离的习仲勋没有消沉。他给自己定了一个学习计划，然后从家里带来许多书籍，在“西宫所”阅读。
　　
　　过了两年，习仲勋的事情逐渐淡化，周恩来不顾康生等人的反对，不失时机地向中央建议：给习仲勋同志安排一定的工作。此时，习仲勋已经被撤销国务院副总理职务。周恩来提出，可以安排习仲勋到基层去担任一定领导职务。中央同意了周恩来的意见。1965年，习仲勋被下放到洛阳矿山机器厂当副厂长。
　　
　　“文化大革命”开始后，虽然习仲勋已经远离北京，但康生并没有放过他。康生鼓动北京的红卫兵，串联陕西西安、河南省以及洛阳市的红卫兵，去洛阳机器厂揪斗习仲勋。
　　
　　1966年冬天的一天，洛阳矿山机器厂的大门突然被从西安来的红卫兵冲开。几十个红卫兵闯进车间，把习仲勋围了起来，要他交代“罪行”，还要揪他去批斗。工人们不干了。他们自发地把闯进来的红卫兵里三层外三层包围了起来。有十几个工人冲进红卫兵的包围圈，把习仲勋围了起来，保护他。手中拿着扳子、铁棍的工人们表示：谁要是敢动习厂长，我们就和他拼命。双方僵持不下，一场武斗一触即发。
　　
　　为防止发生意外，习仲勋转过身对保护自己的工人们说：“你们保护我，是好意。但你们如果打伤了红卫兵是我的责任，红卫兵打伤了你们也是我的责任。”然后，他对红卫兵说：“你们要揪斗我，好，我跟你们走，要走就快走。”红卫兵也害怕和工人交起手来不是他们的对手，心里早已虚了大半。他们赶紧把习仲勋带出工厂，推上卡车，带到西安去批斗。批斗后，又把习仲勋关入西北大学。从此，习仲勋每天都要被揪出去批斗。
　　
　　即使挨斗，习仲勋仍然不说假话，更不为了减少自己的皮肉之苦而乱“咬”他人。习仲勋平时和群众关系好，加上他坚强不屈的性格，群众很信任他，也使一些揪斗他的红卫兵从心里佩服。
　　
　　但是，在康生的鼓动下，习仲勋被扣上了“反党”的帽子，红卫兵和造反派自然不会轻易放过他。习仲勋在西安等地被批斗了很长时间后，又被押到富平老家批斗。可是，押着习仲勋去批斗的红卫兵却看到了另外一番情景：拉着习仲勋的汽车一开进村庄，乡亲们立即围了上来，向习仲勋问寒问暖，还拿出煮好的鸡蛋给他吃。乡亲们对红卫兵说：我们不是来批斗习仲勋的，多时不见，我们是想来看看他。要不是他在困难时期拨粮食给我们，我们早就饿死了。在老家，乡亲们还自发地给习仲勋做家乡饭吃。在这种情况下，押解习仲勋来批斗的红卫兵也不敢对他动手动脚了，还沾习仲勋的“光”，吃了乡亲们做的家乡饭。习仲勋对于这种来自故乡的亲情终生难忘，到老年时还经常提起。