到了一九四五年上半年,抗战胜利在望,未来如何办学,成为上层知识界热议的话题。三月,在中央团部,“邵力子主张党与团分开。如党团经费出自国库,则国民大会成立以后党之经费不能在预算内,而团则最好成为高级童子军,为无党派色彩的。邵意余甚赞同”(日记一九四五年三月二十八日)。数日后,竺可桢又与教育部长朱家骅、中央大学校长吴有训及陶孟和等“谈战后高等教育,余主张大学学术自由,不能用标准化办,课程必须简化”(日记一九四五年四月一日)。显然,竺可桢将学术自由奉为大学之本,而对于将学校政治化的做法却极难接受。他在浙大的一次训话中公开声言:“本人希望学生应埋头求学问,否则从军可也。在学校闹党派,则不特于抗战无益,学校亦不成其学校,故本人主张政党须一律退出学校。”(一九四五年四月二十三日)

抗战胜利前后,各方面要求对高等学府终止战时管束,“恢复常态”,并将之与未来预行“宪政”相连接。一九四五年五月十八日,国民党第六次全国代表大会通过决议:“一、本党在军队中原设之党部,一律于三个月内取消。二、各级学校以内不设党部。三民主义青年团改属于政府,担任训练青年之任务。”(荣孟源主编:《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下册,932页,光明日报出版社一九八五年版)在战后民主浪涛汹涌澎湃前夕,国民党可谓顺应“舆情”,主动调整,但留下了三青团在学校的尾巴。八月底《大公报》发表题为《教育复员》的社论,提出高等教育应与建国相配合,尤其应注重充实理工科,但大学发展方向不必雷同,那些有名无实的大学一律不许恢复,大学须培养自由研究学术的空气,所有党派退出学校,学生不准加入任何政党云云。竺可桢读罢此文,赞许其中若干主张,但感觉尚不完备,于是赶写《我国大学教育之前途》一文投寄《大公报》发表。他认定:“大学乃社会之光,不应随波逐流。”并引苏东坡诗句“世事浮云变,此心孤月明”,以寄心志。

出于自然科学家的自信与清高,也缘自对国民党观察和认识的不断深入,竺可桢对国民党当局一再拉他入党,并给予中委的做法,初而被动,继而反感,最后甚而尽力抵制。一九三八年五月三十日,张其昀(晓峰)和陈训慈来,“以(陈)布雷函相示,嘱余加入国民党,因上月代表大会后,党中有改组之意,其中有一办法,即拉拢教育界中人入党。余谓国民党之弊在于当政以后,党员权利多而义务少,因此趋之者若鹜,近来与人民全不接近,腐化即由于此,拉拢若干人入党,殊不足改此弊”。他对陈布雷的“好意”并未领受。第二年三月八日,有人带来国民党入党文书请他填写,他表示“至于入党一事容考虑之,但以作大学校长即须入党实非办法也”。此时大学校长必须加入国民党已成“钢性”规定。故而,一九四三年五月十二日,中央训练团来人,“嘱余填入国民党志愿书,现大学校长中,只余一人非党员,而实际余于日前开三民青年团干事监事联席会议时宣誓入团,故实即等于入党。今日填就交去”。其后,他在日记中写道:“余对国民党并不反对,但对于入党事极不热心,对于国民党各项行动只有嫌恶憎恨而已。因余已允于前,故不能不寄此入党申请书。近来党中人处处效法德国纳粹,尤为余所深恶而痛绝。”(日记一九四四年七月十三日)到了一九四八年初冬,国民党重新登记党员,代理教育部部务的次长陈雪屏致函竺可桢。“要余重新登记为国民党党员,关于政治党派,余均不感兴趣。前被选为中央委员实非余意料所及,故虽经(陈)布雷来函,余亦未去登记也。”(一九四八年十一月十一日)

还在出任浙大校长之前,竺可桢对孔、宋家族的专权腐败就十分反感。“今日见《大公报》载财部孔庸之告诫财部人员不得操纵公债,任意买卖。下午晤吴保之,知全系鬼话。财部司员全能操纵公债,盖欲操纵公债之价格必非仅购千元万元所能上下,必也至数千百万,则非财政当局而谁乎?保之又说,财部次长徐堪本一北京时代之财部科长,国民政府成立后,寅缘至银行界。近以为宋蔼龄、孔祥熙做公债投机事,以消息灵通,所赢巨万,为孔宋所信用,遂得为财次并中央委员。新近徐遣一女往美留学,予以六十万元之支票。中国政治之黑暗至于如此,安得不亡国?”(日记一九三六年二月九日)

及至抗战后期的一九四四年,竺可桢尤其留意欧美人士对中国政局的评论,他阅读威尔基《

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