美、留欧之间的派别，国内不同学校毕业也有其派系。时人批评说，在中小学则有某大学派、某师范派，在大学则有英、美、法、德、日等派，派别之中，复有以地域而分化为小派别者，名目繁多，不胜枚举（谢树英《今后我国大学教育应有之趋向》，《大公报》1935年1月5日）。九一八事变后，李先闻从东北大学入关，到母校清华生物系求职。当时系主任是陈桢，教授是李继侗、吴韫珍等，都是金陵大学毕业生，“那时清华毕业的同学，似乎都不能插足”。自然碰壁，连个兼课都谋不到，校长梅贻琦也只得说：“先闻，我爱莫能助了。”（第71页）可见派系的权力虽然无形，其影响却超过了校长的权力。于是，北平虽大，留美农学博士李先闻却只能沿着一条狭路，到北平大学农学院兼课和在清华充任篮球教练。这实在令他难堪，当赵连芳介绍他到河南大学任教时，李先闻不顾开封的风沙与偏僻，欣然前往。抗战期间李先闻长期供职的四川农业改进所，在赵连芳的领导下，积聚了不少人才，为大后方的粮食生产立下了汗马功劳，国民政府还传令嘉奖赵连芳，“真使学农的人扬眉吐气”。但由于北平农专毕业的胡子昂担任四川建设厅长，挤走赵连芳，任命北农毕业的四川人董时进为所长。胡、董两人还一心一意将所内赵连芳的人排挤，大量引进北农毕业的四川人，造成清一色的北农派和“川人治川”的局面，致使生机勃勃的农业改进所一蹶不振。
除了这一类派系争斗外，还有无谓的权力斗争。河南大学是李先闻回国后找到的第一个真正安身立命之所，他在这里开设了细胞遗传学课程，并从事粟类遗传研究，相继在国内外杂志上发表的十多篇论文，使默默无闻的河大农学院蜚声中外。加以其间陆续会聚了一群有志向学的学人，一时有欣欣向荣的气象。然而不旋踵间，以无关学术的院长之争而起人事波澜，使不谙权力之争的学人先后为权力之争所伤害，各自星散而去。
农学是一门实用性非常强的学科，农业破产的近代中国也确实需要育种改良、病虫害防治等方面的专家。李先闻因在康大学的是理论性的遗传学，他回国后一直面临理论研究与实际应用之间的现实与矛盾。刚回国时，他的师兄赵连芳从事水稻改良，被誉为“水稻专家”；沈宗瀚继承洛夫在中国开创的小麦改良，是“ 小麦专家”，都非常风光。李先闻却不仅“沦落为讲师，做的又不是本行工作”（第53页）。他攻读博士学位的康大育种系也存在理论与实用两派，互不相容，并直接影响到李先闻在国内的发展。1931年，李先闻到南京去看洛夫与接替洛夫的迈尔斯（E. H. Myers），告诉迈尔斯回国后两年的困顿与艰辛。迈尔斯“一挺胖胖的身体坐直起来，跷跷二郎腿，把烟斗里烟丝揿一揿，划火柴燃着烟丝，吸一口，吐一个圆圈”，说：“你只会玩基因，在染色体上，别的事你一概不晓得。而我们呢？实用的研究者，能为你们国家、我们的国家赚洋钱和毛钱！”显然他不喜欢不是“实用研究者”的李先闻，这种不喜欢是实用型排斥研究型的贯态，而更过分的是洛夫和迈尔斯还在中国诽谤李先闻，说他脾气不好，在康大为争温室地盘与人打架（第66页）。
只要有人，就有互相倾轧，只是科学界的倾轧往往出乎常人对于象牙塔的想象。相对这些人事纠纷，战乱对李先闻一辈科学研究的影响乃至整个中国近代科学发展的影响则完全不可同日而语。李先闻好容易通过清华同学刘崇乐在东北大学生物系谋得职位，虽然所教非所学，也想全力贯注做些成绩出来。但九一八事变爆发，李先闻只得仓皇逃离入关。战乱打碎了李先闻的怀抱。之后，他入武汉大学，并把武汉大学看作是回国后施展理论研究才能最为理想的园地。全面抗战爆发，武汉大学只得内迁，李先闻说：“武汉大学是一个新兴的好学校，……如果不是局势演变，很可能成为一个大有作为的学术机构，这是不可讳言的事实。”（第 116页）战乱又打碎了李先闻的怀抱。
日本投降后，李先闻与同事们心中的愉悦可想而知：“那一天晚上，大概有二十人左右，每人拿了一瓶酒，一包花生米，挤在我家几尺见方的客厅内。坐着的，躺着的，把酒瓶传来传去，嘴里哼着唱着，好像一群疯人似的。当然有人醉了，哭着，喊着，如痴如狂，都像有神经病一样。”李先闻自己，“从1931年在沈阳起，我本身饱受日本人欺侮，从东北逃到北平，转开封，以为武汉可以安定一个长时期，但不久又走上逃亡之路。逃亡！逃亡！好像是离乱时代的日常生活似的”（184－185页）。对于科学研究而言，更受伤的是战争使刚刚起步的中国科学中断与世界科学的联系，失去了继续发展的机会。1944年8月，李先闻作为专家被派遣赴美考察农业，他到加州理工学院摩尔根的冷泉实验室访问，“以新奇的眼光，看了，听了，都是闻所未闻，见所未见的科学的进步。他们这一群没有受到战争直接的影响，每天埋头苦干，在生物界领导群伦”（第166页）。
这种年复一年的派系林立和时局动荡，无疑使身为科学家的李先闻生不逢时，然而他
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