顺治十一年（1654年），顺治皇帝按他的请求把靠近利玛窦墓地西部的一块地产赐予其作墓地。

顺治十四年（1657年），顺治皇帝御笔亲书“通微佳境”，制成匾额悬挂于宣武门的天主教堂。汤若望还把顺治帝御制碑文刻成石碑竖立在教堂前面。这一举动等于默认了汤若望有自由传教的权力。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众达上万人。

顺治十七年（1660年），汤在赐地上修建了一座圣母堂，堂前树碑，以满汉两种文字记载这个殊荣。汤的名望在中国达到了古往今来所有传教士的顶峰。

顺治十八年（1661年），顺治皇帝驾崩后，汤若望的地位每况愈下。文人杨光先作《摘谬论》和《辟邪论》，分别攻击西洋新法和基督教。杨光先在《摘谬论》中认为汤若望别有用心用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举。《辟邪论》以中国传统伦理观念为参照系全面批驳基督教义，激化了各方面矛盾。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代其履行公务。杨光先代表着儒士、回教徒等反西方传教士的一批人。这些人支持杨光先，使这一案件越发复杂。朝廷公开审理此案，汤若望和钦天监七位官员被判处死刑。孝庄太后直接干预此案，汤若望才被释放，历科李祖白、春官正宋可成、秋官正宋发、冬官正朱光显、中官正刘有泰五名中国官员被处死。九十六刻的新历法被废除，依旧采取一百刻的大统历。

康熙五年（1666年），汤若望在失望和悲痛中去世，由于当年顺治皇帝赐下的墓地被没收，传教士们只好把他葬在别处。其他传教士被驱逐出境。

康熙八年（1669年），康熙消灭鳌拜亲政三个月后，恢复了汤若望的尊号，肯定了他的贡献，他的墓地被归还，遗体也被重新安葬，康熙派遣官员前往凭吊。康熙皇帝又和祖母太皇太后一起率领朝中所有大臣，亲临墓地按照中国礼俗悼祭汤若望。汤若望在去世三年后终于得到了他一生所做贡献相应的回报。他的所有名誉都得到恢复（“通玄教师”这一称号因讳被改为“通微教师”）。当时被处死的五位钦天监官员也同时得到了平反。

康熙九年（1670年），九十六刻历（沿用至今的农历）重新开始推行。

但康熙中后期以后，清政府对传教活动控制越来越紧，最终进入全面禁教阶段。

汤若望依靠科学行事，而非主观臆断或顾及政治因素。他这一率直的做法不符合中国国情以及那些潜规则，得罪了包括回回科秋官正吴明炫一党、明大统历的拥护者杨光先等一些守旧势力。在宗教上，由于基督教比较得宠，又受到了回教、佛教、儒教的嫉妒和打击。在政治上，他又是坚定的保皇派，所以又遭到了保守派和野心家多方打击。这个洋人曲高和寡中领教了国人的“厉害”。

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