来自传教士的最主要批评是儒学只重人伦而忽视了天伦，忽视了对超越层面的关注、对人的终极关怀，尤其是缺乏对独一真神的纯洁而坚执的信仰，导致了民间层面的多神教、泛神教信仰与文人层面的无神论。在信仰问题上，儒家文化与基督教的执着与排他相比，显示了宽容性，但同时也是不坚定性，孔子本人对鬼神就是就是既不信其有也不信其无、“敬鬼神而远之”的态度，其流风所及是塑造了鲁迅所说的“无特操”的国民性。鲁迅说：“中国人自然有迷信，也有‘信’，但好象很少‘坚信’。……尊孔的名儒，一面拜佛；信甲的战士，明天信丁。宗教战争是向来没有的，从北魏到唐末的佛道二教的此仆彼起，是只靠几个人在皇帝耳朵边的甘言蜜语。” 当传教士以基督教的神本与超越层面凸现对儒家文化的优势时，同时也呈现出儒家文化的人文特色。与基督教文化相比，儒家文化的主要特色是以人为本、关注现世、关注世俗、关注国计民生、重视人伦、重视人的道德修养而不看重人的信仰的人文主义，体现出一种务实精神与理性主义精神。儒学的精华是以仁为核心、以“五常”为重点的伦理思想，这个部分也是儒学最得传教士称道之处，是传教士会通基儒的重点。
如前所述，林乐知指出儒家重人伦但忽视天伦，同时忽视物伦，忽视自然科学。中国文化的重德精神，不只体现在以道德代宗教，也体现在道德哲学的片面的发展，而自然科学更没有得到足够的重视。儒学在中国不仅政与教合一，而且教与学合一，这种格局本身就不利于学术包括自然科学的发展，加上儒家知识体系中“格物致知”仅有其名而已，未能尽心考察“物理”，本该发展出自然科学的领域因与无稽之谈参浑不清而出现了被传教士指责为“虚妄”的星学、相学、风水学、阴阳奇门之类的“虚学”。当近代西学东渐后，“中体西用”的模式强调的仍然是名教，科学依然没有取得应有的地位。当科学与基督教在西方同时得到发展，有的基督教学者声称基督教是科学之母时，而在儒学居于统治思想的年代，中国却没有发展出近代科学。这是一件值得深思的事。
在儒家思想体系里，人被誉为万物之灵，被称为与天、地并列的“三材”，人性备受尊崇，而人性的高贵之处首先在于人具有恻隐、羞恶、恭敬、是非四种良知，人能通过人性的自我肯定实现成德成圣；在基督教理论中，人性被看作是堕落的、有罪的，人处于被上帝看管的卑劣地位。但在具体的道德实践与社会生活中，实际上我们却看到了另一种景象：在中国
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