发生矛盾纠葛、遭受凌辱时，清王朝及多数地方官员往往因害怕开罪列强，也不敢出面予以保护，有时甚至还向华商施加压力。例如1904年，汉口华商被礼和、瑞记两洋行强行勒索银十数万两，先后禀报厅、府、道和督抚等各级地方要员，请求代为申辩。但各级官吏不仅不为华商主持公道，反而拨调团勇保护洋行，弹压华商。《中外日报》为此发表评论说：“近日政府日言保护商人，振兴商业，而卒无明效大验之可指。”《中华报》也载文抨击“皇皇商部，名曰保商，吾恐华商被洋人欺凌灭绝，而商部诸公尚高枕不知也。”（《中华报》第157册，光绪三十一年四月十七日。）可见，即使在清政府竭力标榜奖商保商。官商之间的关系较诸从前有所改善之际，官压抑商的现象仍时有发生。
尤其使商人感到愤慨的是，清朝中央政府对待商办铁路的态度，很快也由最初支持商人收回路权自建铁路，突变而为强迫商人接受外债，公开拍卖铁路主权。其转变的主要原因，同样是由于清朝中央和地方的财政愈见左支右绌，难以为继。要取得大宗款项用以填补亏空，唯一的办法就是饮鸩止渴举借外债。历任总督等显要官职的满洲贵族锡良即曾公开表示：“财政日窘，外祸日迫，唯有借债可为第一救亡政策。”（《宣统政纪》第40卷，第11页。）以举借奴役性的外债为“第一救亡政策”，可谓滑天下之大稽。不言而喻，此时的清王朝只不过是借“救亡”之名借债，行苟延残喘之实。当时，中国所剩能够用于借债抵押的主要就是铁路和矿山。因此，清王朝不惜出尔反尔，以种种借口剥夺商路，其结果必然与商人发生激烈的冲突。
例如清政府原曾支持江浙两省绅商成立铁路公司，集股修建本省铁路，但在1907年10月，又与英国侵略者签订沪杭甬铁路借款合同，规定必须聘请英人为总工程师，由英方代购器材，以借款筑路的方式出卖了江浙路权。这丧权辱国的一纸合同，非但使两省商人喘汗集股之劳绩以及借自建铁路振兴民族工商业的良谟宏愿付诸东流，同时还将使帝国主义对中国经济命脉的控制进一步加深，因而激起两省商人的强烈反抗，保路运动也随之由初期的官商共同努力收回路权，转变为反对官府拍卖路权，拒借外债的斗争。在此过程中，商会同样发挥了重要的组织和领导作用。
沪杭甬铁路借款合同一公布，苏州、上海等商会即刻致电外务部、农工商部，阐明“改借款、
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