奥博特依赖军队的支持，但他自己对军队的控制却并不牢固。被他所宠信的总司令阿明随着官阶的提升对权力欲望日益膨胀。1971年1月，在奥博特出访新加坡时，阿明发动了军事政变，推翻了奥博特政府，自己就任乌干达总统。反对奥博特的人在阿明上台后，欢呼雀跃，认为奥博特式的独裁在乌干达已不复存在。

但事与愿违。阿明大权独揽，其充满部族主义色彩的镇压比奥博特有过之而无不及。他在军队中进行种族大清洗[注: 大清洗，是指在1930年代苏联爆发的一场政治镇压和迫害运动。它包括对苏联共产党内部的清洗以及对无辜人员的迫害，这段时期典型的现象包括无处不在的政治审查、]，阿乔利族和兰戈族军人几乎全部被处死，他自己家乡的卡克瓦族和卢格巴拉族人则占据了所有军政要职。他还废除宪法，宣布自己是终身总统，以武力镇压国内各政治派别。在阿明统治期间，大约有50万人被杀，其中包括乌干达首席大法官贝尼迪克托·基瓦努卡，前任政府的多名部长和被取缔的民主党领导人。

哪里有压迫，哪里就有反抗。乌干达国内反对阿明的人士组成了乌干达民族解放阵线，基地设在邻国坦桑尼亚。1978年，为了以绝后患，阿明下令入侵坦桑尼亚，但他的军队很快就被击退。坦桑尼亚总统尼雷尔派兵和乌干达民族解放阵线的军队联合攻入乌干达境内。1979年4月10日，乌干达反阿明的势力与坦桑尼亚军队合力攻入乌干达首都坎帕拉。阿明政权被彻底击败，他本人仓皇出逃，最后流亡到沙特阿拉伯。直到2003年去世，阿明再也没机会回到乌干达。

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