在这一共识与实施框架的基础上，中日双方各10名学者组成共同历史研究委员会，分为古代与中世纪史、近现代史两个组，开展了共同研究。

中日共同研究的目的在于通过学者间的冷静研究，首先从学术上理清历史事实，缓解围绕历史问题的对立情绪，促进两国友好交流。

据介绍，此次共同研究与以往的学术研究最大区别，在于一是有共同确定的研究题目，二是对重要问题都进行充分讨论，在吸收部分对方意见的基础上多次修改，形成各自的论文。概括地说就是“同一题目，交换意见，充分讨论，各自表述”。虽然是“各自表述”，但因为研究题目是共同确定的，两国学者能够在同一题目下围绕关键问题展开研究和讨论，不回避分歧，已经是向前走了一大步。

步平介绍，近代史组的双方学者对中日战争的性质进行了充分讨论，在各自的论文中都明确指出:自1931年开始到1945年的中日间的战争是日本对中国的侵略战争，阐述了侵略战争给中国人民造成的巨大的伤害与损失，表达了谴责侵略战争和维护和平的愿望。中方委员会认为:对侵略战争性质的认定是中日之间大是大非的原则问题，必须首先达成共识，然后才能开始学术研究。

同时，日本学者也在相关研究成果中明确承认了日本军国主义对中国的侵略和给中国人民造成的巨大伤害，日军的种种非法行为给大量中国平民带来了深刻的战争伤痕，认为那是新的中日关系的绊脚石。他们的论文还认为:近年关于细菌战、遗弃化学武器、强制征用劳工、对妇女的暴行等问题的诉讼，都是战争带给中国人民深刻伤痕的表现。

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