刘瑾知道负责劝谏的言官们对他的威胁很大，在掌权后，对言官也不放过。除了借故进行罢免、廷杖以及诬陷定罪外，在平时还制裁威胁这些言官：命令他们在早晨寅时(三点到五点)入朝，一直到下午的酉时(五点到七点)才让走。一天上班时间竟达14个小时左右，刘瑾的目的就是让他们不得休息，让他们没精力弹劾自己。

刘瑾打击异己时随心所欲，对于在平时只对他作揖而没有磕头行大礼的翰林院的官员，他也不放过。找了个借口一次就把20人赶到南京去任职，有的还削职为民。

在将异己的大臣们都清除后，刘瑾便随心所欲地专权了，他很会控制皇帝为他所用。先用打球跑马、带鹰抓兔等缠住爱玩的武宗，然后，专门在武宗玩得高兴的时候向他请示政事，武宗总是心烦地说：“怎么什么事都来找我，你们这些人都是吃闲饭的吗？”刘瑾装得灰溜溜的样子退下，心中美滋滋地专权误国去了。通过这一手，刘瑾很容易地将内阁的大权也握在手中了。

为了彻底掌握内阁，他还将原来向自己告密立功的焦芳安排在内阁任职，焦芳则什么事都看刘瑾的眼色行事，这就开了内阁辅臣听从太监指挥的恶例。

除了内阁，政权机关就是六部了，刘瑾又将自己的手下同党安排进了六部。有时，他仅在纸上写谁做什么官，六部便要照他的意思安排。那些地位很高的公侯们见了刘瑾也得跪拜，连头都不敢抬一下。

刘瑾的水平有限，为了批阅奏章，他就将大臣的奏章拿回家里，让在礼部做官的妹夫替他批阅，再拿到内阁让焦芳修改。所以，当时的人们都在暗地里叫他“立皇帝”。