侵略军展开了激烈的间谍战。1856年，在英军发动进攻时，叶名琛利用原有的保甲系统，侦察敢于为英国侵略者刺探情报或提供粮食的汉奸，逮捕了七八十人。他还给广州市民发放身份证，无证者一律不得进出城门。英国人后来不得不承认从广东他们几乎得不到什么信息。与此同时，叶名琛启用了他多年来经营的谍报系统。在和平时期，叶名琛通过广东夷务总局向英国人占领的香港派出了大量探子。这些探子的公开身份是在香港做贸易的商人，而实际上他们都是叶名琛手下的军人。战争开始后，他们与叶名琛的信息交流更加频繁，每五天就联系一次，给叶名琛提供了大量关于香港的英军部署和调动的情况。叶名琛自得地说：“我合数十处报单互证，然后得其端绪。”知己知彼使叶名琛在广州作战的初期获得了胜利。
叶名琛以重金鼓舞士气，凡斩英人首级者赏银元三十，务必把英军“根诛尽灭”。他积极采取袭扰战的方式，使英军日夜不得休息，首尾不能相顾。夜晚时他派遣沙船，满载炸药冲击在岸边休息的英军。同时，还派出火筏对英舰进行火攻，使英舰不敢靠近岸边，从而减少了白天中国陆军所受到的炮火压制。11月15日，中国水军还趁大雾垂江炮轰英国舰队长达二十分钟之久。英军司令西马糜厘对叶名琛的战术毫无办法，法军见势不妙借口保卫香港早早地撤出了广州。经过四个月毫无结果的对峙，疲惫的英军不得不放弃进攻广州的意图，开始撤退。
同时，叶名琛对英军的后勤基地香港展开了攻势。香港地理位置特殊，是天然的良港。但是香港严重依赖内地输送给他们的生活必需品。新安县给香港提供大量的供给和服务，叶名琛派新安县士绅陈桂藉负责对香港的行动。陈桂藉召开了全县士绅大会，决定停止对香港的一切供给，从香港撤回全部新安人，直接导致了香港生活必需品的缺乏和人力资源的短缺，使香港很难为在广州作战的英军提供有力的后勤保障。此后，叶名琛对香港实施了禁运。陈桂藉派人在通往九龙的交通线上设卡，还组织小型纠察船队保证禁运。禁运使香港几乎成为臭港，英国驻华公使包令叫苦不迭。
叶名琛还派人突袭香港。1851年1月19日，一队乔装的乡勇，突袭了英军的巡逻队，杀死一名英军军官。这类的突袭行动还很多。包令在给朋友的信里写道：“我们不得不时刻提防绑架、暗杀和纵火”。后来更出现了面包投毒事件，一些乡勇在面包房里秘密地放进了砒霜，导致许多英国人中毒，其中也包括包令的夫人。叶名琛的行动使香港的英国人大为恐慌，大批英国人逃到澳门避祸。1857年7月，包令也因为在军事和外交上的失败，被英国政府解职。
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